病毒组研究的滞后主要是因为科学家们对病毒组的重要性的认识晚于对细菌的认识，以及缺乏成熟的病毒组研究技术。
（1）病毒实验难：由于病毒非常小、进化速度快且难于培养，因此对病毒的研究相对困难。此外病毒缺乏类似于细菌16S rRNA基因序列的系统发育标记，对于环境病毒组的研究变得更为复杂。要对环境样本中的所有病毒进行研究，不可避免的会受到样本中其他物种DNA的影响。
（2）生信分析难：宏基因组学方法已经成为当下研究微生态最热门的方法，与宏基因组类似，宏病毒组学也成为病毒生态学研究的主体。然而，将宏基因组技术应用于病毒组学研究时所产生的结果及对结果的解读仍存在一些问题。例如，在提取VLPs的过程中，游离的、可活跃复制的噬菌体颗粒成为分析的重点，限制了部分温和噬菌体DNA信息的获取。由于提取的DNA水平较低，扩增过程可能会漏掉某些含量极低的噬菌体类型，这会使获得的病毒组信息产生偏差。尽管独立于培养的方法减轻了繁杂的实验工作，并能获得更大量的信息，但研究者必须使用其他生物信息学方法来间接推断病毒的宿主范围信息

1.病毒缺乏类似于细菌16s rRNA基因序列的系统发育标记
2.对病毒组进行研究不可避免的受到样品中其他物种的影响
3.病毒的基因组远远小于细菌、真菌等，在宏基因组数据中
4.病毒reads占比非常小
5.如何尽可能去除宿主和细菌基因组的影响
6.如何最大程度真实反映样品中病毒组的组成和丰度
7.已知病毒占地球上所有病毒的比例极低
8.病毒基因组数据库中完整的参考基因组数量非常少
9.如何解读病毒组数据中的“暗物质”