在新地区，有一座创界山，一级神〈朱〉住在山顶神殿，这一天，一级神〈紫〉和一位强大的训练师完成了失传已久的〈人宠合一〉打败了〈紫〉成为了神殿新主人
他们一人一神兽统治着朱紫地区，建立了新的宝可梦联盟，手下有四位大将分别统治创界山一到四层，并和那一层的守护神兽〈人宠合一〉，史称〈黑暗四天王〉
这一天，被打回初始形态并逃亡在外的神兽〈紫〉遇到了旅行的小智