经颅磁治疗仪的主要功能是磁疗，通过重复性经颅磁刺激对大脑部位进行磁刺激，磁场强度一般在3mt-17mt之间，强弱分为两档，rTMS治疗仪的治疗帽由磁感应线圈等组成，治疗时产生一定频率和强度的磁场，根据法拉第定律和生物组织磁导率基本一致的特点，磁场可无创透过颅脑屏障到达颅内组织，并在脑组织内产生感应电流，刺激脑细胞及脑血管平滑肌，形成相应的生理效应，从而达到调节脑功能、预防及治疗疾病的目的。
脑循环治疗仪脑循环综合治疗仪是一种小脑顶核电刺激治疗仪（非药物性治疗）,采用生物信息模拟技术及计算机软件技术合成脉冲组合波形，通过粘贴于两耳侧乳突的电极贴片，无创引入小脑顶核，对人的脑部进行电刺激治疗，扩张大脑血管，改善脑微循环，其机理是脑内固有的神经传导通路受到特定的电刺激，会影响脑循环和脑血管自动调节功能，
两者之间区别主要在于治疗机理不同，治疗疾病的范围和功效基本一致，属于不同原理的同类设备；