孙皇后与明宣宗朱瞻基朝夕相处，感情很深。明宣宗即位之后，册封孙氏为贵妃。宣德三年（1428年），明宣宗废胡皇后，改立孙贵妃为皇后。宣德十年（1435年），明宣宗驾崩，朱祁镇继位为帝，孙皇后被尊为皇太后。正统十四年（1449年），明英宗朱祁镇被瓦剌所俘。孙太后采纳了兵部侍郎于谦等主战派的意见，让朱祁钰即位，是为景泰帝，化解了危机。
景泰八年（1457年），明英宗复位，孙太后上徽号曰“圣烈慈寿皇太后”。天顺六年（1462年）九月，孙太后崩逝。全谥为孝恭懿宪慈仁庄烈齐天配圣章皇后，葬于景陵。

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《明实录·明英宗睿皇帝实录卷之一》“母孝恭懿宪慈仁庄烈齐八配圣章皇后，以宣德二年丁未十一月十一日生”、《明书》“宣德二年十一月，生英宗皇帝”、《明史•卷十•本纪第十》“讳祁镇，宣宗长子也。母贵妃孙氏。生四月，立为皇太子，遂册贵妃为皇后。”认为孙氏为明英宗生母，而《明史•列传第一•后妃一》“妃亦无子，阴取宫人子为己子，即英宗也。”“英宗生母，人卒无知之者。”认为孙氏非明英宗生母。《明史稿》、《明史》、《罪惟录》、《胜朝彤史拾遗记》、《寓圃杂记》称明英宗不是孙氏所出。
既然记载明英宗出身的第一手史料称其生母为孙氏，为何会有后来的不同说法呢？有人认为，这是世人出于对胡善祥的同情和对孙氏的不齿。胡善祥乃成祖为宣宗所选元配嫡后，“无过被废，天下闻而怜之”，世人反感孙氏，因而抹黑孙氏是有可能的。朱瞻基是子嗣较少的皇帝，妃嫔怀孕都会立刻引起宫内外的关注，想要瞒天过海的方式生育第一个皇子比登天还难，然而如果朱瞻基知情纵容甚至与孙氏合谋，“阴取宫人子为己子”以达到宠妾灭妻的目的，则是有可能实现的。无论哪种情况，目前都没有明确证据。
孙皇后葬于明景陵，明英宗葬于明裕陵，两陵寝尚未发掘，也许以后可以通过DNA基因鉴定分析来解决这粧疑案。