高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度（实际经营不满三年的按实际经营年限）的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

如果申报企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）未经会计师事务所审计，应同时委托进行财务报表审计。