灼口综合征发病因素复杂，目前尚未统一观点。目前多认为可能与神经因素、精神心理因素、局部刺激因素、系统性因素等有关。

基本病因
1、局部因素
（1）局部不良刺激
①牙结石、残根及残冠：这些存在锐利的边缘，可能会对口腔黏膜产生刺激。
②不良修复体：口腔修复体（如义齿、烤瓷冠或全瓷冠等）的选型、选材不合适的话，修复体的边缘可能会对口腔黏膜产生刺激。

③术后瘢痕刺激：口腔内因颌面外科肿瘤或非肿瘤疾病行外科手术后遗留的术后瘢痕，也会对口腔黏膜产生刺激，可能与灼口综合征相关。
④口腔不良习惯：如咬颊、咬唇、吮唇、口呼吸、吐舌习惯等，可能造成舌在牙与义齿之间反复摩擦。有的患者因为怀疑自己得了口腔癌症，会在日常生活中频繁地伸舌自检，过度运动就会造成舌肌筋膜紧张或拉伤，从而引起疼痛。

⑤过度饮酒、大量吸烟、长期嚼用含大量薄荷油的口香糖等。
（2）局部过敏反应
患者对义齿材料（如甲基丙烯酸甲酯、4甲基苯二醇胺、过氧化苯甲酰）、口腔充填材料（树脂、金属等）、药物、食品辅料（食品添加剂、调味剂）过敏，使口腔黏膜出现灼痛。

（3）口腔感染
口腔局部细菌、病毒、真菌感染 被认为是引起BMS的因素。
（4）唾液成分改变
舌部微循环出现功能障碍，会使唾液成分中Na+、Cl-、Ca2+、Mg2+、磷酸盐、蛋白质等发生改变，若患者口腔内含有金属材料的修复体（烤瓷牙、金属嵌体、金属牙冠、带金属的活动假牙等），则会在口内形成微电流，可能与灼口综合征相关。