1. CRISPR DNA转录成RNA之前要复制吗？为什么？
论点：
CRISPR DNA在转录成RNA之前不需要复制。
支持论据：
生物学机制：
CRISPR系统依赖于一条单链RNA（称为crRNA）来指导Cas蛋白识别并切割靶DNA。这条crRNA是直接从CRISPR基因簇中的DNA序列转录而来的。
在细菌中，CRISPR基因簇由短的重复序列和间隔序列组成。这些间隔序列是从以前感染的病毒（噬菌体）中获取的DNA片段。转录过程中，CRISPR基因簇的DNA直接被转录成一条长的RNA分子，随后被加工成单独的crRNA。
效率和能量消耗：
如果在转录之前需要复制CRISPR DNA，这将会增加细胞的能量消耗和时间成本。在细胞资源有限的情况下，直接转录CRISPR DNA是一种更高效的机制。
实际操作中的观察：
多项研究已经证明，CRISPR系统可以有效地在不进行DNA复制的情况下发挥作用。例如，在实验室中使用CRISPR/Cas9进行基因编辑时，研究人员只需要设计特定的crRNA或sgRNA，并不需要复制目标DNA。
结论：
CRISPR DNA在转录成RNA之前不需要复制。直接转录DNA是更高效且已被生物学研究验证的机制。
2. 最终整合到CRISPR簇上Spacers（间隔区）的是外源DNA潜在的PAM序列吗？
论点：
最终整合到CRISPR簇上Spacers（间隔区）的不是外源DNA的PAM序列，而是与之相邻的外源DNA序列。
支持论据：
CRISPR机制：
PAM（Protospacer Adjacent Motif）序列是CRISPR系统中Cas蛋白识别靶DNA的重要标记。PAM序列本身并不被整合到CRISPR基因簇中。
当细菌遇到外源DNA（例如噬菌体DNA）时，Cas蛋白会识别PAM序列，并切割与PAM相邻的DNA区域。被切割的DNA片段随后会被整合到CRISPR基因簇中，成为新的间隔区（Spacer）。
实验观察：
多项实验研究显示，CRISPR基因簇中的间隔区是来自外源DNA的片段，而非PAM序列。例如，研究人员发现，在大肠杆菌中，新的间隔区总是位于PAM序列的上游部分。
功能逻辑：
如果PAM序列被整合到CRISPR基因簇中，这将会导致识别过程的混乱，因为PAM序列在细菌基因组中可能广泛存在。通过仅整合PAM相邻的外源DNA片段，CRISPR系统能够更准确地识别并攻击外来的DNA分子。
结论：
最终整合到CRISPR簇上Spacers（间隔区）的不是外源DNA的PAM序列，而是与之相邻的外源DNA序列。PAM序列仅作为识别和切割的标记，并未被整合到CRISPR基因簇中。

1.CRISPR DNA是在细菌Genome上，和其它序列一起复制。你是问转录之前的先局部扩增？细菌没这功能吧。
2.PAM是NGG啊（不同物种有差异），是切点。Spacer应该是外源潜在DNA的target。但是这个target不叫PAM。target后面紧接的NGG叫PAM，NGG不提供序列特异性，只是Cas识别的切点。