dna二级结构的纵向稳定性主要受到两类作用力的影响，即氢键互相结合的作用力和与环境的静电相互作用的静电作用力。氢键是dna内部不对称氨基酸残基之间所形成的弱范德华力，可以使dna细菌子线粒体结构及其稳定有序地排列，而dna外部的环境中带有负电荷的离子或者极性分子，也可以与dna的表面分子上的正电荷相互作用，帮助维持dna的二级结构的稳定性。此外，dna二级结构的稳定也受到dna内部某种蛋白质的抑制作用的影响。