工藤优作和有希子知道黑暗组织，是因为他们在破解各种谜案的过程中，发现了黑暗组织的存在和行踪。同时，工藤优作也曾经遭遇黑暗组织的袭击，从而深入了解了黑暗组织的实力和危险性。因此，他们也成为了黑暗组织的重要目标和对手。