如今农村污水处理已经是我国生态环境治理与改善的核心痛点。受地理、经济、环境、气候、人口分布等因素的影响，我国农村污水处理无法模仿城市污水处理模式。此外，技术工艺选型、标准制定、运营管理等都处于探索阶段。农村污水处理工程的运行费用由谁来支付，费用如何，如何降低运行维护成本，是大家关心的核心问题。
目前，大部分农村污水处理项目仍由政府出资，承担运行维护费用。仅靠政府资金显然无法使农业污染项目长期运行。在国家发改委印发的《关于创新和完善促进绿色发展价格机制的意见》中，涉及污水处理行业的征收政策和定价机制主要有两个问题：完善征收政策。对于垃圾处理，建立有利于政策的节水价格机制。其中之一描述了未来农村污水处理的收费机制。
探索建立污水处理农民付费制度。在已建成污水集中处理设施的农村，探索建立农民支付制度，综合考虑村集体经济状况、农民承受能力、污水处理成本等因素，合理确定支付标准。
过去，在很多农村污水处理项目的规划建设中，往往只关注项目建设成本，而没有考虑到项目运营过程中产生的持续成本。对一些村庄来说，污水处理设施建成后，运营和维护成本成为新问题。以电费为例，很多新建的污水处理设施只能选择耗电量大、能耗高的污水处理设备，每月电费从几百到几千不等。一旦项目没有持续的运维资金，设备很快就会无法使用。这样的项目对于经济欠发达地区来说无疑是一个巨大的负担。
如何降低农村污水处理设施的运行成本，值得我国学术界以及农村污水工程的当事人和污水设备生产厂家考虑。