现代学徒制毕业证和自主招生毕业证不一样。现代学徒制是一种职业教育培训模式，学生在企业中接受实践培训，同时接受学校的理论教育。学生毕业后，会获得现代学徒制毕业证书。而自主招生是指高等学校根据自身的条件和要求，自主招生具有相应能力和素质的学生，学生毕业后会获得相应的学位证书。两者的教育模式和毕业证书不同。