良值手柄可以与大气层系统兼容，但是需要使用相应的插件来确保正常连接和使用。对于大气层1.6.0.3版本，你需要安装最新的良值手柄插件，并且将手柄连接到你的Nintendo Switch主机上。可以使用一线通（USB线）或蓝牙连接方式。一旦连接成功，你可以通过大气层平台来管理你的游戏库、下载和更新游戏，以及与其他玩家进行在线游戏等操作。需要注意的是，如果你在使用过程中遇到任何问题，可以通过在大气层官方论坛中搜索相关帖子或者向其他用户求助来解决。同时，要确保你的Nintendo Switch主机已经越狱并安装了大气层等相关软件。