DNA单链上相邻的两个碱基通过双螺旋桥形成的疏水性氢键来连接。它们之间的物理连接是由一对互补的核苷酸（A和T，G和C）相互作用而形成，其中A-T之间的氢键能量最强。氢键是一种微弱的化学作用力，它使得DNA单链上不同核苷酸之间能够形成特定模式的双螺旋结构。此外，在DNA单链上相互作用的核苷酸也会形成其他类型的化学作用力（如Van der Waals力、π-π叠合、立体选择性等）来保证DNA分子能够以正常方式工作。