虽然深圳确认11号线北延（深圳段）纳入五期规划，将与东莞地铁3号线对接，但也证实东莞段线路需由东莞申报。
根据“前一轮规划完成70%之后才能申报新一轮规划”的原则，东莞需要在二期规划调整（2022-2027）完成70%以上后才能申报新的线路，而根据目前的进度，至少要等2027年2号线三期开通后，才可能满足要求，等拿到批复正式开工，至少是2028年的事了，最早要等到2032年才能开通。
深圳一直喊2028年完成五期规划建设，所以不排除深圳段预先建好，然后干等东莞。但11号线北延在深圳段并没有车站，也没有新增车辆段，就算建好了也不能跑车，先期建设没有意义，还不如把建设力量投入其他线路。
我认为有另一种可能，就是东莞按市域线来申报3号线支线，从北面对接深圳11号线，这样才有可能实现近期上报和2028年完工。但这样做有三个问题：一是一条线路走两个申报模式，fgw会不会同意；二是市域线计价规则和地铁不同，是否能够贯通运行；三是东莞地铁3号线按计划要到2029年才能完工，按照东莞的速度估计还得再拖，就算3号线支线2028年开通了，也是孤线运行的状态，又有什么意义呢？
所以我认为，深圳11号线北延要么等2028年开工，要么就是近期先装模作样办个开工仪式，搞搞收地什么的，等到2028年才能真正进入施工阶段。当然还有一种极小概率的可能性，就是国家为了深圳给东莞搞特批，但这样就会坏了规矩，国家大概率不会答应