查理一世反对中央集权化
圣女贞德英格兰和勃艮第因尼德兰问题发生矛盾后，查理七世立即与善良公爵菲利普在1424年签订了《尚贝里协定》，约定互不侵犯。接着，查理七世将善良公爵拉入自己的军队。1425年，他让查理一世和自己的心腹法国元帅里什蒙分别与善良公爵的姐妹阿涅斯和玛格丽特结婚。就这样，善良公爵和查理七世签订了阿拉斯和约，加强了查理七世的权力。但是，查理七世的心腹里什蒙元帅作为常备军进行了创建国王军的改革，查理一世和查理七世的关系变得微妙起来。不愿强化查理七世权力的查理一世发动了普拉格利之乱，企图废黜查理七世，让太子路易继承王位，但以失败告终。国王太子路易逃亡到勃艮第，查理一世也逃亡了，但后来他主动到查理七世处谢罪，并被削去一部分领地后才得到宽恕。查理一世在百年战争结束3年后的1456年去世，其子约翰二世继承王位。1461年，结束百年战争的查理七世去世，流亡到勃艮第公国的太子路易十一世即位。
约翰二世协助路易十一世打败英国。路易十一世继续推进父亲推行的中央集权化，引起了以约翰二世为首的众多诸侯的反对，约翰二世与查理冒进公爵等人结成同盟。1467年，继承勃艮第公爵的冒进公爵与约克家族的英格兰国王爱德华四世结盟，共同进攻法国。但是约翰二世后来与路易十一世和解，作为代理国王被赋予了很大的权力，倒向国王派。在这场战役中，约翰二世的弟弟路易被任命为法国海军元帅，率领舰队在阿拉斯一带进行游击活动，扰乱了盎格鲁-布吉尼昂联军。
庶弟路易又在1475年与爱德华四世签订了《皮金尼条约》，使同盟瓦解。
没有子嗣的第一波旁王朝男系绝嗣约翰二世于1488年去世。由于他与正室无子，只有庶子，担任神职的三弟查理二世继承了波旁公爵之位。约翰二世最小的弟弟皮埃尔说:“我的继承人在这里!”他强烈反对身为神职人员的哥哥继承圣职，但最终没有推翻他的决定。但是查理二世在哥哥死后5个多月就去世了。四弟的列日主教路易虽然有儿子，但被视为私生子，唯一有儿子的最小的弟弟皮埃尔二世继承了波旁公爵之位。但是唯一的儿子不幸夭折，皮埃尔二世在失意中于1503年去世。第一波旁家族的男性绝嗣。 波旁家族和法国王室，名字里有约翰、查理和路易的太多了!没有其他名字吗?说明的时候很混乱…
查理三世去世后，第一波旁王朝绝嗣
皮埃尔二世有一个叫修尚的女儿，她与旁系的波旁-蒙旁西耶家族的蒙旁西耶伯爵查理三结婚。查理继承了波旁王朝，成为查理三世，与修尚共同继承公爵之位。另一方面，法国王室瓦卢瓦家族在查理八世死后嫡系断绝，奥尔良公爵查理的儿子路易十二继承了王位。但是路易十二世没有子嗣，于1515年去世，王位传给了他的表侄兼女婿弗朗索瓦一世。查理三世在马里尼亚诺战役中立下汗马功劳，被任命为元帅，又被任命为米兰总督，但因其能力受到警戒而被撤换，被命令回国。1521年，妻子修尚去世，弗朗索瓦一世的母亲，波旁公爵查理二世的女儿玛格丽特的母亲路易丝·德·萨伏瓦主张波旁王朝的继承权，修尚的领地被弗朗索瓦一世没收。。勃然大怒的查理三世与弗朗索瓦一世的宿敌神圣罗马皇帝卡尔五世签订密约，企图将英格兰国王亨利八世卷入其中，但阴谋被弗朗索瓦一世识破，查理三世被投到卡尔五世手下。逃亡。化身复仇之鬼的查理三世指挥神圣罗马帝国军队，在1525年的帕维亚之战中俘虏了弗朗索瓦一世。
旺多姆波旁王朝的登场在查理三世死后，波旁王朝从波旁公爵路易一世的第四子拉马尔什伯爵雅克一世传给了第五代后裔旺多姆公爵查理。旺多姆公爵在弗朗索瓦一世时代担任国王军队的指挥官，并从旺多姆伯爵晋升为旺多姆公爵。旺多姆公爵查理的儿子安托万与纳瓦拉女王让娜·塔尔布雷结婚，获得了纳瓦拉王位。这桩婚姻是通过裙带关系，让娜的母亲玛格丽特是弗朗索瓦一世的姐姐，她的第一任丈夫阿朗松公爵查理四世也是安托万的舅舅。纳瓦拉女王让娜与安托万之间的关系就是后来的法国国王亨利四世。就这样，波旁家族从10世纪开始经历了从男系到女系、从本家到支流的复杂变迁，最终成为法国国王（王室）的血脉。