从下水道逃脱关可以知道,主角621是被扣押起来准备送往再教育中心的,同时上一关末尾晚钟2史奈尔也提到需要把621的上司指导手抓来,那说明老爹是已经落入亚基柏集团手里。那老爹之后怎么样了,可以从下面两个记录档案看出来。


上面提到再教育无效的人会被送去工厂,而老爹是永井教授的第一助手的孩子,有很高的概率就是初代第一个强化人(或者强化人的实验对象),反正在游戏中确定有事实上很强的AC驾驶能力,那么符合送往【工厂】的条件,而工厂那边提供的【零件】又是会被人特意提醒要把躯干留着的,那说明原本的活体零件很可能只剩一个人头了。
那么老爹最后的出场状态就是,已被亚基柏集团进行洗脑+削成人棍塞进了一部有严重若柯尔污染的艾比斯系列AC当中跟你交战(这台AC是企业在技研都市里挖的旧时代AC),即使不被你手刃也是命不久矣,若柯尔机械清一色都是无人驾驶的,唯一一个有驾驶舱的就是老爹开的那台,属于把驾驶员当成一次性物品了。
至于你说621已经对企业没威胁了,是上帝视角的分析,621击坠塞勒姆这件事就是发生在跟企业交战的途中,双方都还处于交战的状态呢。