制药企业的洁净间空气需进行过滤，才能投入使用。利用过滤器有效地控制从室外引入室内全部空气的洁净度。由于细菌都依附在悬浮粒子上，微粒被过滤的同时，细菌也能滤掉。GMP规定：制剂，原料药的精、烘、包，制剂所用的原辅料，直接与药品接触的包装材料的生产均应在洁净区域内进行。药品生产企业的洁净室或洁净区系指对尘粒及微生物污染需进行规定的环境控制的区域，其建筑结构、设备及使用均具有减少对该区域污染的介入、产生和滞留的功能，所以高效空气过滤器的安装是必要的。
为什么说制药企业的洁净间安装高效空气过滤器是必要的？药品生产企业洁净室对环境洁净度的控制不仅是限于微粒。药品，鉴于它治病救人的特殊作用，在生产环境中除了对非生命污染物——微粒要加以限制外，还需要对有生命的污染物——微生物做出限制。因为它们对药品的污染比微粒更甚，不加以控制则对人体危害更为严重。微生物多指细菌和真菌，可以在一切地方产生，有很强的繁殖力。空气中的微生物多数附着在灰尘上，也有的以芽孢状态悬浮在空气中。微生物污染是指因微生物产生、附着而给特定的环境带来的不良影响，由于微生物不断生长和繁殖，是“活的粒子”，用高效空气过滤器可以有效过滤。
除了初效过滤器以无纺布为主要材质，以“筛子效应”为主，拦截5μm以上的粗粒子外；中效以上直至超高效的过滤器，基本都是超细纤维过滤，工作模式都是以吸附为主，主要对付5μm以下的细微粒子，在原理上没有区别，差异在于过滤率。
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