鸟类整体消化系统短，这是为了减轻自身的体重来适应飞行，不同种类的鸟有着不同形状及构造的喙部，这与鸟类物种的食性有关。

嗉囊是消化道中段一个特化的膨大结构，有储存及食物软化甚至初步化学消化食物的功能，鸽子和部分鹦鹉的。有些鸟类包括部分猛禽的嗉囊退化。鸽子及一些鹦鹉在育雏期内嗉囊能分泌嗉囊乳，返流饲喂幼。

胃分为前部的腺胃和后部的肌胃，腺胃主要有分泌消化液，储存食物及向肌胃推送食物等功能。肌胃主要起研磨食物的作用，在食肉鸟类中，肌胃的研磨作用相对较小。

肝脏分泌胆汁，可帮助乳化脂肪，同时包含淀粉酶及脂肪酶用以帮助消化。鸽子及一些品种的鹦鹉没有胆囊结构，通过肝小肠管直接将胆汁分泌到十二指肠。胆绿素是主要的胆色素，当鸟排出的尿酸盐颜色发绿时可能提示肝脏存在问题。鹩哥八哥等鸟类肝脏细胞中储存高浓度的铁，会引发铁质蓄积症，应控制其铁元素的摄入量。