我觉得，人类舰队全军覆没是肯定的了，但三体舰队也会遭受相当规模的损失。
从书中的内容推测，建造三体舰队的材料应该不是强相互作用力材料，三体人当时应该是没有能力大规模的量产强相互作用力材料的。那这样的话，人类舰队的各种超级武器，比如射线武器，超级电磁炮，次声波氢弹等，是能够对三体舰队造成损伤的。
这就像古代一支庞大的训练有素的并且装备精良的军队，面对现代坦克装甲军队，虽然最后结果是古代军队全败，但他们通过抛石机抛射出去的大石块，肯定也能砸坏相当多的坦克装甲车。