1、原则不同
软件著作权：在软件完成后自动产生的，自愿进行软件著作权登记。体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，在维权时举证方便、有法律效力。
软件专利：必须向专利局提出申请才能获得保护，以“用公开换保护”为原则。
2、保护的主体不一样。
软件著作权：保护的是表现形式，不保护思想。
软件专利：保护思想
3、出证时间不一样
软件著作权：快速地获得著作权保护，普通登记一般4个月左右出证，可加急，最快几个工作日。
软件专利：发明专利申请时间是1-2年，一般不能采取加急形式。
4、保护期限不一样
软件作品：相关著作权保护期为作者终生及死亡后50年，无需缴年费。
软件专利：只能申请发明专利，从申请日起算20年，还需每年缴年费。