酸性蛋白酶在酿造白酒过程中也有它不利的一面。
(1) 酸性蛋白酶生成的氨基酸与糖起美拉德反应而呈焦香。焦香是芝麻香型的主体香气，也是白酒生产中不可避免的生成物。但如果酸性蛋白酶过剩，将会导致白酒内出现大量吡嗪类及呋喃类成分，造成酒的颜色发黄，焦苦味重的现象，麸曲酱香型白酒尤为突出。
(2) 酸性蛋白酶妨碍生料发酵。因为它能使生料上吸附的淀粉酶脱离，因而失去其糖化作用。尤其是将糖化生料能力强的葡萄糖淀粉酶I型分解，而成为糖化生料能力极弱的葡萄糖淀粉酶I型及Ⅱ型，从而削弱了糖化生淀粉的能力。酸性蛋白酶对生淀粉糖化的影响。
(3) 将嗜杀酵母的嗜杀因子分解。嗜杀酵母菌能代谢毒素，对野生酵母菌有极强的杀伤能力，可借以进行纯种发酵。但酸性蛋白酶能将嗜杀酵母代谢基因破坏，因而使嗜杀酵母失去了对野生酵母的杀伤能力。
就上述酸性蛋白酶三种缺陷而论，产生焦香是其特点，至于酒味焦苦、颜色发黄，也非酸性蛋白酶之过，而在于用量过多所致。生料制酒对吸附淀粉酶的分解，嗜杀酵母嗜杀因子的分解，都与当前白酒生产工艺无甚关系。