第二句得把が换成は，这是地点判断句，对已知的对象才能下判断，因此前面必须是用は来表达的旧信息。
可能会觉得这些句子很奇怪，但都是正确的。
山田はトイレです。
私はうなぎです。

喫茶店がスーパーの隣です。
没有问题。
只是，你想描述的是什么？
如果描述的是喫茶店的具体位置，那么这个说法是有瑕疵的，
建议改用：
喫茶店がスーパーの隣にあります。
喫茶店は　スーパーの隣です。
这两种都可以。
而你这里表达的类似是“才是”的感觉。
比如：
你到超市边上的拉面屋等我吧。
不对吧？超市附近哪有拉面屋？喫茶店才是超市边上的店吧。
请参考。

喫茶店の隣がスーパーです

都没问题，看你想表达什么

语法上是没有问题的，但是意思不一样

翻译成汉语，就知道了
1超市的旁边有饮品店。
2饮品店是旁边的超市。
喫茶店がスーパーの隣にある（饮品店在超市旁）