六月新娘：漫画里多余的饮料有柠檬茶、咖啡和乌龙茶，小柯选择的是乌龙茶，动画删减。小柯先判断出氢氧化钠中毒，动画改为鉴识人员。柯柯对老师采取急救的部分也删了，漫画最后提到因为小柯及时采取措施老师能提前出院，动画里没说。

雪山山庄：去滑雪是因为小柯抽到了招待券，动画删除。

浪花连续杀人事件：动画增加小柯提醒小兰正在减肥。

竞技场无差别胁迫：漫画小柯是因为进入世界杯兴奋，为配合播出时间动画改成因为输球在桌子上打滚。

飞天密室：比三的手势。

神秘乘客：从枪改为用灭火器。

本厅物语4：小柯直接蹦改成踩着新出。

丸见码头：删减了一部分小柯科普的钓鱼知识。送上船前小柯交代博士这段删除。后面还删了一段台词“这跟钓鱼一样……”。

黑色冲击篇：动画让小柯在水无家看到化身博士作为后面的提示。漫画解暗号时小柯直接根据双重人格就想到了这本书。

超秘密的上学路：找垃圾

虚假的婚礼：漫画里小柯没装窃听器，动画窃听器装在白鸟裤脚。犯人逃跑的时候小柯只是路过，动画加了想阻止犯人结果没穿脚力增强鞋，m25也有类似剧情。

卡拉OK厅的死角：唱歌的姿势

红白黄侦探团：摸头改为站着说

纸飞机案：删除侦探为了事件存在，删除id est的推测，急救措施因为季节变动做了简化。