1646年九月，隆武帝遇害的消息传到湖广和广东、广西等地。到了十月初十日，桂王朱常瀛之子朱由榔在广东肇庆就任监国。但不久即传来江西赣州失守，整个江西丢失的消息。所以现在南明永历帝的势力范围仅仅包含了湖南大部、广东，广西，贵州和云南（四川军阀割据）。
江西陷落于南明叛将金声桓
最早进入江西的清军是阿济格部。他从西安一路追击李自成，在1645年四月底进入江西九江。不过在李自成覆灭以后阿济格并没有继续南下，而是东下安徽，收降了左良玉部。
六月底，阿济格返回北京。左良玉的部将总兵金声桓留了下来，主动要求收服江西。
与南明江西守军比较，金声桓的战斗力明显更强，所以到了八月底的时候就收服了江西大部分府县，只剩下赣州和南安了。
此时还属于隆武帝时期，他没有坐以待毙。为挽救危局，下令各地派兵增援，最终聚集赣州城内外的明军兵马不下四万。但是金声桓有勇有谋，各个击破，南明各路援军纷纷逃跑。
清军在九月十九日包围赣州城。十月初四，赣州失守。
南明内斗：永历VS邵武
赣州的陷落并没有让南明更加团结，反而引发了新的争斗。
朱由榔从肇庆逃往广西梧州后。广东的官僚于是就拥戴隆武帝的弟弟唐王朱聿镌，于11月初五在广州称帝，改明年为绍武元年，又一次上演了朱明宗藩同室操戈的闹剧。
朱由榔等人自知铸下大错，为了收拾广东民心，在11月12日返回肇庆，18日宣布即皇帝位，改明年为永历元年。
一个省有两个皇帝，那肯定是不行的。绍武帝首先发兵向肇庆进攻，永历政权只好应对。11月29日，内战正式爆发，双方在广东三水县城附近交战，绍武政权设伏击败了永历政权的军队。
永历朝廷准备招兵再战，没想到对手已经没了，这是怎么回事呢？原来清军已经攻占了广州，绍武政权被偷袭，自己先覆灭了。
广东丢失于南明降将李成栋
清军在消灭了浙江的鲁王政权和福建的隆武政权后，于1646年10月，筹备进攻广东。
佟养甲、李成栋以及原郑芝龙旧部施福、施郎、洪习山、黄廷等部，由福建开始进攻广东。1646年12月，潮州、惠州都不战而降。
12月15日，清军前锋用布包住了剃发的头，伪装成明朝军队进入广州。明军发现后，急忙关闭城门应战，但是精兵都已经派往肇庆方向对付永历朝廷，一时无法调回，广州就这样轻易的被清军占领,仅存四十天的绍武政权就这样灭亡了。
1646年十二月二十二日，佟养甲派兵北上占领韶州，次年正月接收南雄。
南明高雷廉琼巡抚洪天擢退守琼州府，四月初一清副将阎可义领兵渡海，洪天擢不敌，乘舟逃走，琼州遂为清军占领。这样，广东十府之地全部落入清方之手。
广西险些丢失！
图片1647年正月，李成栋率主力进攻广西。到了3月，清军连下梧州、平乐，进逼桂林，桂林岌岌可危。镇守柳州、南宁一带的陈邦傅也被清军声威吓倒，准备投降。
就在此时，广东的一批仁人志士，开始组织义军展开反清活动，围攻广州。坐镇广州的清两广总督佟养甲穷于应付，不得不急召进入广西梧州的李成栋部回援，广西危机得以解除。
湖南丢失于明辽东降将孔有德
1646年八月中旬，清廷派遣孔有德、耿仲明、尚可喜等统领本部兵马南下。孔有德等受命后，回辽东召集人马，直到1647年二月初才到达湖南岳州（1646年正月初的时候，岳州就被勒克德浑部清军占领了）。
二月十六日，孔有德、耿仲明、尚可喜等向明军发起进攻。
二月二十五日，清军占领长沙。
四月十四日衡州失守。
孔有德指挥的清军几乎没有遇到任何抵抗，就占领了湖南大部分地区。
因为李成栋对广西的进攻，1647年四月十五日，朱由榔在当地军阀刘承胤的唆使下，从广西进入武冈州。但他没想到当月，清军又从北边打到了衡州。幸亏，辽东带来的清军不习惯南方气候，停在长沙、衡州避暑。
到了八月份，酷暑已过，清军就开始向武冈、永州进攻。刘承胤一开始还派兵抵抗了一下，一看打不过就投降了清军。幸亏永历帝早有察觉，提前逃离武冈，进入广西，不然就会被刘承胤献给清军了。但是永历帝的儿子没跑掉，半路被抓住了。
至此，清军占领了除湘西部分土司以外的湖南全境。南明永历朝廷名义的辖区仅剩下广西，贵州，四川中南部地区，形势岌岌可危。
注：
大西军余部在1647年三月底进入云南，在云南站稳了脚跟。
四川则处于混战状态。清军豪格在四川击败张献忠以后就回北京去了，留下一帮降将镇守四川。后面明朝残余势力反扑，清军只能固守保宁府一带，其他地区则被军阀割据，名义上尊奉南明。