看到一些关于103话伊莉雅和潘多拉皮下换人的猜测，应该是有迹可循的，参考下图。
不过观测了一万多年历史的伊莉雅不知道会不会就是这个样子本来就成了103话的样子。

关于伊莉雅是否真的度过了一千年还不确定，这里中间消失掉的时间有可能直接跳过了到了下一次出现的时间点，不过几年肯定还是有的。
新时间线上潘多拉也可能是在伊莉雅的陪伴下有了自己的情感，而不是原时间线在大流士身边那样，这可能也是楼上会露出那种表情的解释。
本身伊莉雅的存在在新时间线上是被修正了，主角团的逻辑都是在没有伊莉雅的情况下运行，但是仍然产生了异样感，显然修正并不完全，光是美游能推断出没有跳跃到平行世界这一点就产生了矛盾，可以推断修正力修正了第三者的观测结果而非既定事实，以至于后面碧儿翠丝能靠卡片存档的bug找回记忆，美游能靠牺牲寿命觉醒神稚儿之力。
以下推测本人主管逻辑占比较大，有误差请指出和交流讨论，不要打架
伊莉雅的存在被新时间线否定了，但是只要重新能被观测到，就有机会被带回到新时间线，而两条时间线得以同时存在，也许就是因为伊莉雅把自己从时间中独立出来同时观测两条线才得以成立，两条时间线都是支流，伊莉雅是支流中间的间隔，当伊莉雅参与到新时间线中，原时间线的一切就会被黑泥覆盖然后消失
（或许这就是黑盒中历史的冗余的具体指代，指世界毁灭的废弃时间线，原定黑盒的运行机制应该是潘多拉代替伊莉雅作为观测者让新旧时间线得以同时运行，只不过被达利乌斯干扰才产生现在这种结果，黑盒打开或许潘多拉不会死亡，而是失去记忆陷入沉睡直到新世界演变完成）
在这之后，时间的整体流向就会替换成新时间线，废弃的历史冗余被黑盒收纳成为养分，整个时间线得以再次延续。

顶

字挺好，但是太多不看

关于黑盒机制的解释：
（有点类似DNA的编译）
单一一条时间线往未来编译，一旦世界出现危机，在黑盒中复制一条现有时间线，在出现问题的节点分岔，开始修改并产生新时间线（注意这里时间流速可能不同），当危机彻底爆发，打开黑盒，黑泥覆盖并抹除原时间线，成为历史的冗余被吸收进黑盒，同时新时间线接上现有时间线，完成历史的延续。黑盒装着的就类似支流间的连接通道（孔洞），被黑泥堵塞隔绝两条线（两个世界）。
现在的情况是，原时间线的达利乌斯，从为了结束潘多拉，到因为星球腐朽抛弃旧星球（原时间线），的动机转变，最终把原时间线除了伊莉雅的所有人都嘎了，准备穿越孔洞到达另一端的新时间线，只不过由于伊莉雅和潘多拉还作为观测者活着，他无限接近于新世界但是无法穿越（这一点我记得漫画有讲，如下）有点类似于时间停止的感觉，因为此时时间没有意义，从田中，红宝石以及伊莉雅对于时间概念的不同可以看出，时间被暂停了，有可能就是被黑盒机制影响，在新世界的可能性创造出来以前，旧世界还剩下观测者时按下暂停键。
新时间线上由于同样的原因，达利乌斯企图穿越孔洞到达对面原时间线的世界，巨人化后被美游用神稚儿之力打残，不知什么原因竟然勉强穿过孔洞到了另一端的原时间线（有可能是世界相互侵蚀的缘故，孔洞打开实质上是两个世界的对碰，哪个世界延续的可能性更大哪个世界就会侵蚀对面的世界，达利乌斯可能被当做侵蚀的一部分（黑泥）从而在新时间线被释放到了原时间线的世界，侵蚀原理的猜想来源如下），并见到一片黑泥的世界和伊莉雅田中两人，展开102，103的对话。

关于一楼时间轴有些错误，应该是从-6000到-1000到0，记错了，，

楼主分析的很好