辐射4故事背景是人类爆发核战，美国成了一片废土。废土上没有统一的政府，而且因为核辐射的原因充满危险生物且资源匮乏。
在废土的地下，有个叫做学院的组织，由麻省理工学院建立。学院由科学家们组成，并保留了几乎所有战前科技以及相关设施。在游戏中主角所处的时代，经过200年的时间学院的科技不断进步，甚至比核战前科技水平还高。看起来，学院应该就是人类之光，废土重建的希望。他们只要拿这些技术去帮助废土居民，就可以让废土居民的生活水平极大提高，但大多数辐射4玩家都选择消灭学院的结局，即便主角苦苦寻找的儿子已经成为学院的领导人，儿子临终前把学院托付给主角（主角一家被冷冻了200年，140年的时候主角儿子被学院带走，主角找到儿子时儿子已经60多岁。）
大多数玩家选择消灭学院是为了满足恶趣味吗？并不是，而且从废土居民的角度来看，学院的行为实在是罪大恶极。
学院做了什么呢？在游戏剧情中主要是两件事。
一、在废土投放了FEV病毒，感染病毒的人类会变成肉体极其强大但是智力却退化的超级变种人，超级变种人是一种非常残暴的生物，他们四处袭击人类居住地，然后屠杀人类把他们当作食物。
二、绑架废土居民，然后用半人半机器的合成人顶替这些居民的社会身份。这些合成人渗透进入人类社会后，会利用自己的社会身份去挑唆废土人类互相残杀。
三、在废土各势力曾经达成统一共识时，在和平会议上屠杀了全部会议代表。
学院的所作所为，其目的就是消灭废土人类。因为他们认为经历长期的核辐射，废土上居住的人类基因已经发生改变，而且二百年间因为残酷的自然环境废土人为了生存做了许多不择手段的事情（具体程度，废土有很多土匪，但也有靠种地和捡破烂为生的普通人，在大型居住地盗窃和抢劫也是不被允许的。）。他们认为废土人是所谓的“下等生物”，只有消灭全部废土人才有重建废土的可能。
在游戏中，废土人不需要学院的科技就能活下去，学院先进的科技非但没有解决人类的困境，反而成了给人类带来困境的原因之一，在这种情况下大多数人都会选择灭掉学院。
陵墓的问题也是如此，有科技，有着一个看似伟大的理想，但风之谷的人类在七千年时间里活下来完全和陵墓的科技没有关系，陵墓的科技却正在成为灭亡人类的因素，陵墓的问题就在于运用科技时失去了人性。