软件著作权在认定高新技术企业中的作用主要有三点：
1. 知识产权证明：软件著作权是企业拥有核心自主知识产权的证明之一，高新技术企业认定条件中要求企业必须拥有对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权。
2. 政策优惠：拥有软件著作权的企业在申请高新技术企业认定时更容易享受税收减免等政策优惠，这对于减轻企业负担、增强企业竞争力具有重要作用。
3. 加分项：在高新技术企业认定的评分标准中，软件著作权是知识产权数量的一个重要加分项，有助于提高企业的评分，从而增加通过认定的可能性。