挺好的

你能去思考他说的哪些地方不合理这就挺好了
他有些地方说的不对并不能完全否定他

回看了一下你列的第一个图。他那个地方是在说泰勒斯用灵魂解释世界万物。长河劫说泰勒斯时代的“灵魂”是“形而上学的东西”，这话并没有错。
“形而上学”有两种理解方式。一种就是高中课本上的那种“静止的、孤立的、片面的”的意思，有贬义。另一种就是指哲学学科中的一个研究领域，在这个意义上，说“某概念是形而上学的东西”并不涉及价值判断。比如，我说朱熹的“理”是个形而上学的概念，这就只是个研究领域上的判断，没有说它不好的意思。形而上学这个研究领域里涉及到“世界上最真实的东西是什么”等问题，在以前，灵魂、自然也可算作是形而上学的研究对象。我认为长河劫在这里用的是后一种含义，因为现在前一种含义在学院化的语境中用得很少，考虑到这个UP可能是科学史、科学技术哲学等等专业出身，那更不可能那么用了。
另外，单论“能不能用形而上学来代称哲学”这个问题。虽然现在的哲学学科包含道德哲学、科学技术哲学、逻辑学等等各种领域或方向，但其实形而上学仍然是哲学很重要的一个部门，甚至就是核心的部门。我依稀记得海德格尔就说过“哲学就是形而上学”这种话。并且，目前谈起国内原创的哲学思想体系，似乎可等同于形而上学思想体系，比如所谓“情本体”“仁本体”“具体形上学”，都是形而上学领域的东西。

你确定你的形容没有偏颇吗？认真学科学史的人或许会对中国古代对自然现象/自然科学的认知感到幼稚甚至荒谬，但是不至于像被情绪和辟谷左右的二极管一样把那些认知和经验贬到一文不值吧？
而且有一说一，哪怕他真的这么说了，只要现在我们还处在这个科学体系里，面对这个up主的看法也只能是被动反击。毕竟如果从【现在】的科学体系的视角出发，中国从古代到近代都没有总结、发展出一套相对成熟的科学体系，光这点就让我们在科学史领域的辩论处在不利地位了，目前还真就没啥能有力反驳的。