文献中记载的有关雷公藤毒性的资料大多是误食雷公藤食物（作为野菜食用）中毒，而雷公藤多甙片和中药雷公藤是以其地下的部分（根）为原料，因此按规定剂量服药，并无严重中毒事例，但由于目前雷公藤制剂不够规范，各厂家其有效成分不尽相同，从而影响了其副作用的发生率。
一般认为雷公藤多甙片的不良反应和副作用有：引起转氨酶升高，或是皮肤色素沉着，血白细胞减少，有的容易产生性腺的抑制，女性易引起闭经，还有的患者会引起胃肠道反应，表现为腹痛和恶心等，极个别的患者出现指甲变薄、齿齦增生。中药雷公藤的煎剂可出现口角、眼角黏膜糜烂。
如果出现上述表现者提示需减量或停药。雷公藤多甙的剂量研究证实：作为诱导剂量，双倍剂量（40mg，每日3次）更为合适。
为了减少雷公藤多甙的毒副作用，临床用药过程中需考虑以下问题：
① 最好选择已婚或已有子女的患者，但总疗程控制在半年左右；
② 在疾病活动期不宜单独使用雷公滕制剂；
③ 肝、肾功能异常及造血功能低下者慎用。