合作关系，有时候忍者组织也会扶植mega crop作为傀儡，比如第三部天下十二人中的观星者就给了一部分科技给了mega crop御名高岭社

巨企和忍者组织有合作有对抗
忍者因为信念，魅力和利益而服务于巨企也不是什么稀有案例了
企业会培养自己的忍者力量，只要不触及核心利益，企业也不介意上谈判桌解决问题

往后看，御村的最高领导第二部会出来，养老师散领导层养老师散代表取缔役会在第三部会出来

指正一点:好好先生是养老师散的早期翻译，这俩指的是一个企业。
合作关系，因为暗黑megacorp在赛博朋克 m背景里是远超现实企业的实体，后面更是一个megacorp相当于一个国家。
忍者组织也是它们的生意对象，只不过合作程度有不同。养老师散和罪罚的合作就远不如和天下的，罪罚栋梁想续命都只能私底下联系养老师散，天下干部的12人之一直接是养老师散董事兼生化赛博科技部的CEO

算是合作關係，僅限於有利益可言的時候。
暗黑巨型企業本身擁有龐大的體量，在社會上具有著一定程度的影響力，也掌握著一定程度的資源與科技。通常想要依靠武力直接打垮暗黑巨型企業的難度相當高，畢竟企業軍擁有各種先進軍械，而且人家也不是沒有企業忍者的，忍者組織是會忌憚這種規模的勢力的。公司股價暴跌、董事會的決策錯誤之類的情況，反而是最容易搞垮巨型企業的方式。
直接公開跟巨型企業撕破臉並且開戰的，我印象中只有第四部的太古真忍者，刑務所、明智光秀、赤龍會這麼幹。賽特、黑山羊這類真忍者會直接奪取企業CEO的地位，並直接控制暗黑巨型企業，將其納入自己的勢力之中。
通常暗黑巨型企業與忍者組織保持平等的籌碼，諸如：資源、科技、社會影響力、財力等。前兩項通常是忍者組織比較缺乏的，而且三部曲的忍者組織通常都是在社會的暗面中活動的，很少直接明面的出現在社會上。忍者組織通常也會採購暗黑巨型企業的各類產品或是改造技術，企業也能從忍者組織的手上賺到錢。

并非平等，只是对忍者来说为了更好的贡品需要让利给凡人，合作是为了自己的利益

大部分忍者组织（甚至可以说除了暗黑空手道帝国以外的全部组织），是处于一个“虽然能压制黑暗巨企但想要抹平他们未免不会伤筋动骨”的程度。
所以基本上处于一个要么互相合作，要么尽量井水不犯河水的地步。
全世界的黑暗巨企和忍者组织可一大堆嘞，杀一个来两个，被别人趁虚而入就得不偿失了。
职员什么的杀了就杀了，就像老元啊他也不会把六门啊总会屋本身啊多当回事。
忍者虽然比凡人强，但“大部分强的有限”，并不会超出现代科技的战斗水平。被mortal讨伐的忍者也不在少数。更别提黑暗巨企自家也常常会有不少忍者。
实在不行咱们就万岁•核弹•洗地大法，老子打不过你还不能和你爆了（）

哪怕你是凡人，只要你在暗黑巨企的地位足够高，忍者组织当然会尊重你。
当然，前提是“足够高”。

正所谓即使是最无能的三下忍者，一想到御村的财富和工业，也会不由自主地挺起胸膛 御村·一级棒！

合作，甚至忍肘有求于这些巨型企业
大部分忍肘没办法渴饮朝露就能维生，说难听点基本是寄生在mortal创造的衣食住行条件上面的寄生虫，所以对能给他们想要的东西的mortal也必须保底平等的以礼相待的谈合作。
而普通忍肘乃至忍肘组织也并不无敌，巨大企业的体量催动的能掏出来的科技与战斗力能和他们抗衡，更不能张狂了。

举例的话，就像川普和美国资本家一样的关系

尼布甲尼撒是哪个组织的来着

忍者不自己创造价值，是寄生在mortal社会的寄生虫。生产这块还是靠和mortal的巨型企业合作的