大家好，今天跟大家分享一篇题为Gut microbial meta bolite targets HDAC3-FOXK1-interferon axis in fibroblast-like synoviocytes to ameliora te rheum atoid arthritis（肠道微生物代谢产物靶向成纤维样滑膜细胞中的HDAC3-FOXK1-干扰素轴，以改善类风湿性关节炎）类风湿性关节炎 (RA) 是一种自身免疫性疾病。早期研究认为肠道菌群是环境获得的，与 RA 易感性有关。
01
研究背景
类风湿性关节炎 （RA） 是一种自身免疫性疾病。早期研究认为，肠道微生物群是环境获得性的，与 RA 易感性有关。然而，越来越多的证据表明，遗传学也会塑造肠道微生物群。众所周知，一些近交实验室小鼠品系对胶原诱导的关节炎 （CIA） 高度敏感，而其他品系则对 CIA 具有耐药性。
在这里，我们表明将 CIA 耐药 C57BL/6J 小鼠的粪便微生物群移植到 CIA 易感的 DBA/1J 小鼠中赋予 DBA/1J 小鼠 CIA 耐药性。C57BL/6J 小鼠和健康人个体比 DBA/1J 小鼠和 RA 患者富集了脆弱芽孢杆菌。脆弱芽孢杆菌移植可预防 DBA/1J 小鼠的 CIA。
我们确定 B. fragilis 主要产生丙酸盐和 C57BL/6J 小鼠，健康人个体的丙酸盐水平较高。RA 中的成纤维细胞样滑膜细胞 （FLS） 被激活以进行肿瘤样转化。丙酸盐破坏 HDAC3-FOXK1 相互作用，增加 FOXK1 的乙酰化，导致 FOXK1 稳定性降低、干扰素信号传导阻滞和 RA-FLS 失活。
我们用丙酸盐处理 CIA 小鼠，结果表明丙酸盐减弱了 CIA。此外，丙酸盐与抗 TNF 依那西普的组合可协同缓解 CIA。这些结果表明，B. fragilis 或丙酸盐可能是当前疗法的替代或补充方法。
见图一
供体 C57BL/6J 小鼠和受体 DBA/1J 小鼠之间的粪便微生物群移植和肠道微生物群的差异组成。
图一
a CIA 发作前 DBA1/J 小鼠粪便微生物群移植 （FMT） 的图示。
b FMT 后小鼠关节炎评分的评估。
c FMT 后小鼠的代表性 micro-CT 图像。
d 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。
e 测量骨表面与骨体积的比值 （BS/BV），量化 H&E 染色切片上的滑膜炎症和骨侵蚀，以及 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。用 C57BL/6J 粪便混合物处理的小鼠 n = 10，用 DBA/1J 粪便混合物处理的小鼠 n = 11。
f 16S rRNA 基因测序数据的主坐标分析 （PCoA） 图，描绘了未免疫的 C57BL/6J 小鼠和 DBA/1J 小鼠之间的差异微生物组成。
g 箱线图显示样品内和样品之间未加权的 UniFrac 距离。
h 未免疫的 DBA/1J 小鼠和 C57BL/6J 小鼠中细菌作分类单位 （OTU） 丰度的热图。
i 火山图显示了未免疫 C57BL/6J 小鼠在属水平上微生物 OTU 的差异丰度分布。水平虚线显示 P 值 = 0.05，水平虚线上方的 OTU 在两种小鼠品系之间具有统计学差异。
j 未免疫的 DBA/1J 小鼠和 LDA 评分为 >3 的 C57BL/6J 小鼠在属水平上差异微生物丰度的线性判别分析 （LDA） 效应大小分析。
k 通过实时 PCR 检测的未免疫 C57BL/6 小鼠和 DBA/1J 小鼠粪便中人类相关拟杆菌属的相对丰度。对于 DBA/1J 小鼠和 C57BL/6J 小鼠，n = 8。
l 来自 GMrepo 数据库的 RA 患者 （n = 222） 和健康对照 （HC） 个体 （n = 1 000） 粪便中拟杆菌的相对丰度。m 来自 GMrepo 数据库的 RA 患者 （n = 143） 和 HC 个体 （n = 1 000） 粪便中脆弱芽孢杆菌的标准化丰度。表示 SEM ±图形均值和统计显着性通过双向方差分析 （ANOVA） （b）、学生 t 检验 （e 和 k-m） 和单向方差分析 （g） 计算。
见图二
脆弱芽孢杆菌移植对 DBA/1J 小鼠关节炎发展的影响。
图二
a CIA 发作前 DBA/1J 小鼠中脆弱芽孢杆菌移植的图示。简而言之，DBA1/J 小鼠用抗生素混合物预处理 1 周，然后用 II 型胶原免疫以诱导 CIA。随着 CIA 诱导的开始，小鼠每周两次口服脆弱双歧杆菌或培养基，持续 8 周。
b 实时 PCR 检测到脆弱芽孢杆菌移植一周后脆弱芽孢杆菌在 DBA/1J 小鼠中的定植效果。
c 通过自动血液学分析仪检测到的脆弱芽孢杆菌移植后小鼠血清 lgG 水平。
d 脆弱芽孢杆菌移植后小鼠关节炎评分的评估。
e 脆弱芽孢杆菌移植后小鼠爪子的代表性显微 CT 图像。f 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。
g BS/BV 的测量，以及 H&E 染色切片上滑膜炎症和骨侵蚀的量化，以及 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。
h 通过自动血液学分析仪检测的脆弱芽孢杆菌移植后小鼠血清 lgG 水平。
i 已建立 CIA 的 DBA/1J 小鼠中脆弱芽孢杆菌移植的图示。用 II 型胶原免疫 DBA1/J 小鼠 4 周以建立 CIA。在 CIA 建立的最后一周，小鼠用抗生素鸡尾酒预处理，然后用脆弱芽孢杆菌或培养基对照口服给药另外 4 周。
j 脆弱双歧杆菌移植一周后在已建立 CIA 的 DBA/1J 小鼠中的定植效果。
k 脆弱芽孢杆菌移植后已确诊 CIA 的小鼠的关节炎评分评估。
l 脆弱双歧杆菌移植后确诊 CIA 的小鼠的代表性 micro-CT 图像。
m 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。n BS/BV 的测量，以及 H&E 染色切片上滑膜炎症和骨侵蚀的定量，以及脆弱芽孢杆菌移植后已确诊 CIA 的小鼠爪子 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。每个治疗组 n = 5。表示± SEM 的图表均值和统计显着性通过双向方差分析（d 和 k）和学生 t 检验（b、c、g、i、j 和 n）计算。
见图三
预测肠道微生物功能概况和人血浆的代谢组学分析。
图三
a 使用通过重建未观察到的状态对社区的系统发育调查 （PICRUSt2） 软件和 MetaCyc 数据库，基于 C57BL/6J 小鼠和 DBA1/J 小鼠的 16S rRNA 基因测序数据预测功能谱。扩展误差线图由 STAMP 软件创建。
b 热图显示了通过气相色谱-质谱法 （GC-MS） 检测到的粪便短链脂肪酸 （SCFA） 的相对水平。C57BL/6J 小鼠 n = 8，DBA/1J 小鼠 n = 7。
c 通过 GC-MS 检测脆弱芽孢杆菌发酵培养基中丙酸盐、丁酸盐和戊酸盐的水平。实验一式三份进行，重复 3 次。
d RA 患者和 HC 个体的非靶向血浆代谢组学图示。
e RA 患者和 HC 个体血浆中重要代谢物特征的代谢组学总离子色谱图云图。每个代谢物特征都由一个气泡表示。折叠变化用作每个气泡的半径刻度。气泡颜色较深（红色和/或蓝色调）表示 P 值较低。
f RA 患者和 HC 个体之间代谢特征的三维主成分分析 （3D-PCA） 评分图。
g 基于 RA 患者和 HC 个体血浆代谢特征的正交偏最小二乘判别分析 （OPLS-DA） 的评分图。
h 基于 KEGG 人类代谢途径中映射的显着改变的代谢物，对 RA 患者下调途径的代谢物集富集分析 （MSEA）。
i 与 TCA 循环、丙酮酸代谢和淀粉与蔗糖代谢的生化途径和化学关系相结合的代谢网络。
j 通过 GC-MS 测量的 RA 患者和 HC 个体的血浆丙酸盐水平。RA 患者 n = 14，HC 个体 n = 15。表示 SEM ±均值和统计显着性通过单向方差分析 （c） 和学生 t 检验 （j） 计算。
见图四
丙酸盐对体外 RA-FLSs 肿瘤样表型的影响。
图四
a 用载体 （PBS） 或不同浓度（0.25、0.50 和 1.00 mmol/L）的丙酸盐处理 6 天后 RA-FLSs 的活力，通过 CCK-8 测定法检测。
b 用载体 （PBS） 或不同浓度的丙酸盐处理 7 天后 RA-FLS 的集落形成。左图，菌落形成图像;右图，菌落形成图像的量化。
c 通过 transwell 测定法检测 RA-FLS 在存在或不存在丙酸盐 24 小时的情况下迁移和侵袭。左图，迁移和入侵图像;右图，迁移和侵袭图像的量化。
d 在存在或不存在丙酸盐 24 小时的情况下 RA-FLSs 的伤口愈合测定。左图为伤口愈合图像;右图，伤口愈合图像的量化。
e 用载体 （PBS） 或不同浓度的丙酸盐处理后 RA-FLS 凋亡，通过 Annexin V-FITC/PI 双染色测定法检测。用载体 （PBS） 或丙酸盐处理 48 小时后，炎症相关基因 （MYD88、NFκB、ICAM、PTPN2 和 TLR3） （f）、趋化因子和炎性细胞因子 （CXCL11、TNFα、CCL2、IL-6 和 CXCL8） （g） 以及迁移和侵袭相关基因 （MMP13、PDGFR 和 MMP1） （h） 在 RA-FLSs 中的相对 mRNA 表达。表示 SEM ±均值和统计显着性通过双向方差分析 （a）、Kruskal-Wallis H 检验 （b-d） 和学生 t 检验 （f-h） 计算。实验一式三份进行，重复 3 次。
见图五
丙酸盐处理后 RA-FLS 的转录组学和蛋白质组学分析。
图五
a 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 的 RNA 测序图示。
b 基于 RNA 测序分析的载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中差异表达基因的热图。
c RNA 测序数据的基因集富集分析 （GSEA） 显示基于 Hallmark 基因集的丙酸盐处理后 RA-FLS 中的下调通路。
d 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 的蛋白质组学图示。
e 基于蛋白质组学分析的载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中差异表达蛋白的热图。
f 蛋白质组学数据的功能富集分析显示丙酸盐处理后 RA-FLS 中的下调途径。
g 维恩图显示了用丙酸盐处理后 RA-FLS 中转录组学（蓝色）和蛋白质组学（红色）之间下调的蛋白质编码基因的重叠（绿色）（P 值< 0.05，log2（Flod 变化）< -0.5）。
h 丙酸盐下调的 RA-FLS 中重叠蛋白质编码基因的功能富集分析。
i 热图显示用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中参与干扰素通路的差异表达蛋白。
j 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLSs 中 FOXK1 的相对 mRNA 表达。
k 转染阴性对照 shRNA （sh-NC） 或靶向 FOXK1 的 shRNA （sh-FOXK1） 后 RA-FLSs 中 FOXK1 、 STAT1 和 STAT2 的蛋白水平。敲低 FOXK1 后 RA-FLSs 中参与干扰素途径 （l） 、炎症反应基因 （m）、趋化因子和炎性细胞因子 （n） 以及迁移和侵袭相关基因 （o） 的基因的相对 mRNA 表达。
p 免疫共沉淀检测 RA-FLSs 中 FOXK1 和 HDAC3 之间的相互作用。
q 用载体 （PBS） 或 5 μmol/L TSA 处理后 RA-FLSs 中 FOXK1 的赖氨酸乙酰化水平。
r 在存在或不存在蛋白酶体抑制剂 MG132 或溶酶体抑制剂 BafA1 的情况下，用载体 （PBS） 或 5 μmol/L TSA 处理 48 小时后 RA-FLSs 中 FOXK1 和 HDAC3 的蛋白表达。
s 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中 HDAC3 和 FOXK1 之间的相互作用。
t 通过免疫共沉淀测定法检测用载体 （PBS） 或 1 mmol/L 丙酸盐处理后 RA-FLSs 中 FOXK1 的赖氨酸乙酰化水平。
u 用载体 （PBS） 或不同浓度的丙酸盐处理 48 小时后 RA-FLS 中 FOXK1 、 STAT1 、 STAT2 和 HDAC3 的蛋白表达。表示 SEM ±均值和统计显着性通过 Student t 检验（j 和 l-o）和单因素方差分析（r、s 和 u）计算。实验一式三份进行，重复 3 次。
见图六
丙酸盐在存在或不存在抗 TNF 依那西普的情况下对 CIA 小鼠的治疗效果。
图六
a CIA 小鼠实验设计流程图。
b 不同治疗组中未免疫 （NI） 小鼠或 CIA 小鼠的关节炎评分评估。
c 不同组小鼠的代表性 micro-CT 图像。
d 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。
e 用于通过显微 CT 测量 BS/BV 的爪区域。
f BS/BV 的测量，以及 H&E 染色切片上滑膜炎症和骨侵蚀的量化，以及 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。
g 不同组小鼠爪切片 FOXK1 、 STAT1 、 STAT2 、 IL-6 、 IL-1β 和 MMP3 的免疫荧光染色。
h 定量不同组小鼠爪切片上 FOXK1 、 STAT1 、 STAT2 、 IL-6 、 IL-1β 和 MMP3 的荧光强度。n = 7 对于每个治疗组。表示± SEM 的图表均值和统计显着性通过双向方差分析 （b） 和单向方差分析 （f 和 h） 计算。
02
研究结论
综上所述，通过分析 CIA 抗性小鼠品系和 CIA 易感小鼠品系之间的肠道菌群组成差异，我们揭示了肠道菌群与关节炎易感性之间的因果关系。B. fragilis 被确定为一种对关节炎有益的肠道细菌，可用于开发面向微生物群的 RA 治疗。B. fragilis 衍生的丙酸酯抑制 RA-FLSs 中的 HDAC3-FOXK1-干扰素通路可用作 RA 的潜在治疗剂。
好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。
01
研究背景
类风湿性关节炎 （RA） 是一种自身免疫性疾病。早期研究认为，肠道微生物群是环境获得性的，与 RA 易感性有关。然而，越来越多的证据表明，遗传学也会塑造肠道微生物群。众所周知，一些近交实验室小鼠品系对胶原诱导的关节炎 （CIA） 高度敏感，而其他品系则对 CIA 具有耐药性。
在这里，我们表明将 CIA 耐药 C57BL/6J 小鼠的粪便微生物群移植到 CIA 易感的 DBA/1J 小鼠中赋予 DBA/1J 小鼠 CIA 耐药性。C57BL/6J 小鼠和健康人个体比 DBA/1J 小鼠和 RA 患者富集了脆弱芽孢杆菌。脆弱芽孢杆菌移植可预防 DBA/1J 小鼠的 CIA。
我们确定 B. fragilis 主要产生丙酸盐和 C57BL/6J 小鼠，健康人个体的丙酸盐水平较高。RA 中的成纤维细胞样滑膜细胞 （FLS） 被激活以进行肿瘤样转化。丙酸盐破坏 HDAC3-FOXK1 相互作用，增加 FOXK1 的乙酰化，导致 FOXK1 稳定性降低、干扰素信号传导阻滞和 RA-FLS 失活。
我们用丙酸盐处理 CIA 小鼠，结果表明丙酸盐减弱了 CIA。此外，丙酸盐与抗 TNF 依那西普的组合可协同缓解 CIA。这些结果表明，B. fragilis 或丙酸盐可能是当前疗法的替代或补充方法。
见图一
供体 C57BL/6J 小鼠和受体 DBA/1J 小鼠之间的粪便微生物群移植和肠道微生物群的差异组成。
图一
a CIA 发作前 DBA1/J 小鼠粪便微生物群移植 （FMT） 的图示。
b FMT 后小鼠关节炎评分的评估。
c FMT 后小鼠的代表性 micro-CT 图像。
d 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。
e 测量骨表面与骨体积的比值 （BS/BV），量化 H&E 染色切片上的滑膜炎症和骨侵蚀，以及 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。用 C57BL/6J 粪便混合物处理的小鼠 n = 10，用 DBA/1J 粪便混合物处理的小鼠 n = 11。
f 16S rRNA 基因测序数据的主坐标分析 （PCoA） 图，描绘了未免疫的 C57BL/6J 小鼠和 DBA/1J 小鼠之间的差异微生物组成。
g 箱线图显示样品内和样品之间未加权的 UniFrac 距离。
h 未免疫的 DBA/1J 小鼠和 C57BL/6J 小鼠中细菌作分类单位 （OTU） 丰度的热图。
i 火山图显示了未免疫 C57BL/6J 小鼠在属水平上微生物 OTU 的差异丰度分布。水平虚线显示 P 值 = 0.05，水平虚线上方的 OTU 在两种小鼠品系之间具有统计学差异。
j 未免疫的 DBA/1J 小鼠和 LDA 评分为 >3 的 C57BL/6J 小鼠在属水平上差异微生物丰度的线性判别分析 （LDA） 效应大小分析。
k 通过实时 PCR 检测的未免疫 C57BL/6 小鼠和 DBA/1J 小鼠粪便中人类相关拟杆菌属的相对丰度。对于 DBA/1J 小鼠和 C57BL/6J 小鼠，n = 8。
l 来自 GMrepo 数据库的 RA 患者 （n = 222） 和健康对照 （HC） 个体 （n = 1 000） 粪便中拟杆菌的相对丰度。m 来自 GMrepo 数据库的 RA 患者 （n = 143） 和 HC 个体 （n = 1 000） 粪便中脆弱芽孢杆菌的标准化丰度。表示 SEM ±图形均值和统计显着性通过双向方差分析 （ANOVA） （b）、学生 t 检验 （e 和 k-m） 和单向方差分析 （g） 计算。
见图二
脆弱芽孢杆菌移植对 DBA/1J 小鼠关节炎发展的影响。
图二
a CIA 发作前 DBA/1J 小鼠中脆弱芽孢杆菌移植的图示。简而言之，DBA1/J 小鼠用抗生素混合物预处理 1 周，然后用 II 型胶原免疫以诱导 CIA。随着 CIA 诱导的开始，小鼠每周两次口服脆弱双歧杆菌或培养基，持续 8 周。
b 实时 PCR 检测到脆弱芽孢杆菌移植一周后脆弱芽孢杆菌在 DBA/1J 小鼠中的定植效果。
c 通过自动血液学分析仪检测到的脆弱芽孢杆菌移植后小鼠血清 lgG 水平。
d 脆弱芽孢杆菌移植后小鼠关节炎评分的评估。
e 脆弱芽孢杆菌移植后小鼠爪子的代表性显微 CT 图像。f 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。
g BS/BV 的测量，以及 H&E 染色切片上滑膜炎症和骨侵蚀的量化，以及 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。
h 通过自动血液学分析仪检测的脆弱芽孢杆菌移植后小鼠血清 lgG 水平。
i 已建立 CIA 的 DBA/1J 小鼠中脆弱芽孢杆菌移植的图示。用 II 型胶原免疫 DBA1/J 小鼠 4 周以建立 CIA。在 CIA 建立的最后一周，小鼠用抗生素鸡尾酒预处理，然后用脆弱芽孢杆菌或培养基对照口服给药另外 4 周。
j 脆弱双歧杆菌移植一周后在已建立 CIA 的 DBA/1J 小鼠中的定植效果。
k 脆弱芽孢杆菌移植后已确诊 CIA 的小鼠的关节炎评分评估。
l 脆弱双歧杆菌移植后确诊 CIA 的小鼠的代表性 micro-CT 图像。
m 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。n BS/BV 的测量，以及 H&E 染色切片上滑膜炎症和骨侵蚀的定量，以及脆弱芽孢杆菌移植后已确诊 CIA 的小鼠爪子 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。每个治疗组 n = 5。表示± SEM 的图表均值和统计显着性通过双向方差分析（d 和 k）和学生 t 检验（b、c、g、i、j 和 n）计算。
见图三
预测肠道微生物功能概况和人血浆的代谢组学分析。
图三
a 使用通过重建未观察到的状态对社区的系统发育调查 （PICRUSt2） 软件和 MetaCyc 数据库，基于 C57BL/6J 小鼠和 DBA1/J 小鼠的 16S rRNA 基因测序数据预测功能谱。扩展误差线图由 STAMP 软件创建。
b 热图显示了通过气相色谱-质谱法 （GC-MS） 检测到的粪便短链脂肪酸 （SCFA） 的相对水平。C57BL/6J 小鼠 n = 8，DBA/1J 小鼠 n = 7。
c 通过 GC-MS 检测脆弱芽孢杆菌发酵培养基中丙酸盐、丁酸盐和戊酸盐的水平。实验一式三份进行，重复 3 次。
d RA 患者和 HC 个体的非靶向血浆代谢组学图示。
e RA 患者和 HC 个体血浆中重要代谢物特征的代谢组学总离子色谱图云图。每个代谢物特征都由一个气泡表示。折叠变化用作每个气泡的半径刻度。气泡颜色较深（红色和/或蓝色调）表示 P 值较低。
f RA 患者和 HC 个体之间代谢特征的三维主成分分析 （3D-PCA） 评分图。
g 基于 RA 患者和 HC 个体血浆代谢特征的正交偏最小二乘判别分析 （OPLS-DA） 的评分图。
h 基于 KEGG 人类代谢途径中映射的显着改变的代谢物，对 RA 患者下调途径的代谢物集富集分析 （MSEA）。
i 与 TCA 循环、丙酮酸代谢和淀粉与蔗糖代谢的生化途径和化学关系相结合的代谢网络。
j 通过 GC-MS 测量的 RA 患者和 HC 个体的血浆丙酸盐水平。RA 患者 n = 14，HC 个体 n = 15。表示 SEM ±均值和统计显着性通过单向方差分析 （c） 和学生 t 检验 （j） 计算。
见图四
丙酸盐对体外 RA-FLSs 肿瘤样表型的影响。
图四
a 用载体 （PBS） 或不同浓度（0.25、0.50 和 1.00 mmol/L）的丙酸盐处理 6 天后 RA-FLSs 的活力，通过 CCK-8 测定法检测。
b 用载体 （PBS） 或不同浓度的丙酸盐处理 7 天后 RA-FLS 的集落形成。左图，菌落形成图像;右图，菌落形成图像的量化。
c 通过 transwell 测定法检测 RA-FLS 在存在或不存在丙酸盐 24 小时的情况下迁移和侵袭。左图，迁移和入侵图像;右图，迁移和侵袭图像的量化。
d 在存在或不存在丙酸盐 24 小时的情况下 RA-FLSs 的伤口愈合测定。左图为伤口愈合图像;右图，伤口愈合图像的量化。
e 用载体 （PBS） 或不同浓度的丙酸盐处理后 RA-FLS 凋亡，通过 Annexin V-FITC/PI 双染色测定法检测。用载体 （PBS） 或丙酸盐处理 48 小时后，炎症相关基因 （MYD88、NFκB、ICAM、PTPN2 和 TLR3） （f）、趋化因子和炎性细胞因子 （CXCL11、TNFα、CCL2、IL-6 和 CXCL8） （g） 以及迁移和侵袭相关基因 （MMP13、PDGFR 和 MMP1） （h） 在 RA-FLSs 中的相对 mRNA 表达。表示 SEM ±均值和统计显着性通过双向方差分析 （a）、Kruskal-Wallis H 检验 （b-d） 和学生 t 检验 （f-h） 计算。实验一式三份进行，重复 3 次。
见图五
丙酸盐处理后 RA-FLS 的转录组学和蛋白质组学分析。
图五
a 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 的 RNA 测序图示。
b 基于 RNA 测序分析的载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中差异表达基因的热图。
c RNA 测序数据的基因集富集分析 （GSEA） 显示基于 Hallmark 基因集的丙酸盐处理后 RA-FLS 中的下调通路。
d 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 的蛋白质组学图示。
e 基于蛋白质组学分析的载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中差异表达蛋白的热图。
f 蛋白质组学数据的功能富集分析显示丙酸盐处理后 RA-FLS 中的下调途径。
g 维恩图显示了用丙酸盐处理后 RA-FLS 中转录组学（蓝色）和蛋白质组学（红色）之间下调的蛋白质编码基因的重叠（绿色）（P 值< 0.05，log2（Flod 变化）< -0.5）。
h 丙酸盐下调的 RA-FLS 中重叠蛋白质编码基因的功能富集分析。
i 热图显示用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中参与干扰素通路的差异表达蛋白。
j 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLSs 中 FOXK1 的相对 mRNA 表达。
k 转染阴性对照 shRNA （sh-NC） 或靶向 FOXK1 的 shRNA （sh-FOXK1） 后 RA-FLSs 中 FOXK1 、 STAT1 和 STAT2 的蛋白水平。敲低 FOXK1 后 RA-FLSs 中参与干扰素途径 （l） 、炎症反应基因 （m）、趋化因子和炎性细胞因子 （n） 以及迁移和侵袭相关基因 （o） 的基因的相对 mRNA 表达。
p 免疫共沉淀检测 RA-FLSs 中 FOXK1 和 HDAC3 之间的相互作用。
q 用载体 （PBS） 或 5 μmol/L TSA 处理后 RA-FLSs 中 FOXK1 的赖氨酸乙酰化水平。
r 在存在或不存在蛋白酶体抑制剂 MG132 或溶酶体抑制剂 BafA1 的情况下，用载体 （PBS） 或 5 μmol/L TSA 处理 48 小时后 RA-FLSs 中 FOXK1 和 HDAC3 的蛋白表达。
s 用载体 （PBS） 或丙酸盐处理后 RA-FLS 中 HDAC3 和 FOXK1 之间的相互作用。
t 通过免疫共沉淀测定法检测用载体 （PBS） 或 1 mmol/L 丙酸盐处理后 RA-FLSs 中 FOXK1 的赖氨酸乙酰化水平。
u 用载体 （PBS） 或不同浓度的丙酸盐处理 48 小时后 RA-FLS 中 FOXK1 、 STAT1 、 STAT2 和 HDAC3 的蛋白表达。表示 SEM ±均值和统计显着性通过 Student t 检验（j 和 l-o）和单因素方差分析（r、s 和 u）计算。实验一式三份进行，重复 3 次。
见图六
丙酸盐在存在或不存在抗 TNF 依那西普的情况下对 CIA 小鼠的治疗效果。
图六
a CIA 小鼠实验设计流程图。
b 不同治疗组中未免疫 （NI） 小鼠或 CIA 小鼠的关节炎评分评估。
c 不同组小鼠的代表性 micro-CT 图像。
d 爪切片的 H&E 和 SafO-FG 染色图像。
e 用于通过显微 CT 测量 BS/BV 的爪区域。
f BS/BV 的测量，以及 H&E 染色切片上滑膜炎症和骨侵蚀的量化，以及 SafO-FG 染色切片上的软骨侵蚀。
g 不同组小鼠爪切片 FOXK1 、 STAT1 、 STAT2 、 IL-6 、 IL-1β 和 MMP3 的免疫荧光染色。
h 定量不同组小鼠爪切片上 FOXK1 、 STAT1 、 STAT2 、 IL-6 、 IL-1β 和 MMP3 的荧光强度。n = 7 对于每个治疗组。表示± SEM 的图表均值和统计显着性通过双向方差分析 （b） 和单向方差分析 （f 和 h） 计算。
02
研究结论
综上所述，通过分析 CIA 抗性小鼠品系和 CIA 易感小鼠品系之间的肠道菌群组成差异，我们揭示了肠道菌群与关节炎易感性之间的因果关系。B. fragilis 被确定为一种对关节炎有益的肠道细菌，可用于开发面向微生物群的 RA 治疗。B. fragilis 衍生的丙酸酯抑制 RA-FLSs 中的 HDAC3-FOXK1-干扰素通路可用作 RA 的潜在治疗剂。
好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。
