1606年12月，最上义光在江户就职征夷大将军，最上幕府宣告成立。上杉家作为早期盟友，帮最上家抵御来自西侧的威胁有功，获封会津旧领百万石，外加甲斐谷户，加贺大圣寺两城；细川家虽曾与最上家对抗，但识时务向最上家臣服，因此保留丹后弓木一城；藤堂家作为最早臣服的西部势力，获封伊予宇和岛 ，阿波白地，美浓大垣三城；蜂须贺家参与九州征伐有功，获封伊予，土佐，阿波三国大部，外加丰后府内城；毛利家因为没有及时上洛表示臣服，因此剥夺备后一国领地，保留周防，长门，安艺，出云，石见五国；锅岛家在九州征伐时对抗岛津家有功，获封肥前，筑后两国外加筑前名岛城；岛津作为前九州霸主，特许其保留萨摩，大隅，日向三国以及肥后本渡，人吉二城。
同年，最上家出兵包围大坂，兵不血刃迫使丰臣家承认最上家的武家领袖地位，丰臣秀赖亲自前往江户向最上义光宣誓效忠，最上家则允许丰臣家保留旧领地成为超200万石的大大名，同时仍然以关白的身份统御公家。至此以最上大将军和丰臣关白为核心的公武二元制统治在日本正式形成。