明治三年一月，明治政府以当时尚年幼（11岁）的土御门和丸（晴荣）及其亲信的名义发表公告，承认土御门家的错误与落后，向政府移交文件资料。这时有很多旧幕府天文方的人员进入了明治政府，他们也开始打算清理土御门家。最终的结果，移住东京任职于造历局的和丸也被免职。同年闰十月，天社禁止令（阴阳道禁止令）发布，正式标志着土御门家苦难的开始。