关于日本人形成的时期，其实之前引用的那篇Cooke, Niall P., et al也有所涉及，也就是大致弥生－古坟时代(约公园前600年至公元后500年)，最早的源头可能和商代后期山东半岛居民关系密切，不过对于确切年代没有涉及。中国北京人群/北方汉族（CHB）和日本东京人群（JPT）的分离代数为122代，中国上海人群/南方汉族（CHS）和日本东京人群（JPT）的分离代数为144代，中国西双版纳傣族和日本东京人群（JPT）的分离代数为374代。中国北京人群／北方汉族（CHB）和韩国人群（KOR）的分离代数为47代，中国上海人群／南方汉族（CHS）和韩国人群（KOR)的分离代数为81代，中国西双版纳傣族和韩国人群（KOR）的分离代数为320代。日本东京人群（JPT）和韩国人群（KOR)的分离代数为54代，中国北京人群／北方汉族（CHB）和中国上海人群／南方汉族(CHS）分离代数为24代。从结果来看日本人群应该是先跟中国汉族人群分离的，而朝鲜／韩国人群和中国汉族人群的分离则要晚一些。推导一下结果便是：现代日本人形成比朝鲜／韩国人形成得更早一些，说朝鲜／韩国人参与了日本人的形成是得不到分子生物学证据支持的。中国人主体民族（汉族）和日本人主体民族（和族）分离时间大致3000—3600年（也即商朝时期）；由于北方汉族与朝鲜半岛的频繁基因交流，中国人主体民族（汉族）和朝鲜/韩国主体民族的分离时间大致1200年（唐朝中期）；日本人主体民族（和族）和朝鲜/韩国主体民族的分离时间大致1400年（隋朝、日本飞鸟时代、韩国三国时期），对应于百济灭国和日本势力退出朝鲜半岛，二者大规模基因交流中断。这个结果是非常有意义的：一是，汉族和朝鲜族的分离在和族和朝鲜族分离之后，说明朝鲜族的形成相对晚近，基本也和唐朝中期唐朝直接管辖半岛北部、新罗统一半岛南部的历史相吻合；当然也侧面反映日本和族与朝鲜半岛的某些族群比如百济存在密切联系；结合前面付巧妹文章中朝鲜人常染结果有相当比例的东亚南方成分，说明隋唐时期的汉族人群（已经混合接近一半的东亚南方/南岛成分）相当程度上参与了后来朝鲜族的形成，而在此之前很可能朝鲜半岛和现代日本一样是缺乏东亚南方成分的；二是，这篇文章关于中国人（汉族）与日本人（和族）在商朝时期分离的结论，和前一篇文章有关日本人的东亚成分与商朝时期黄河下游山东半岛某个遗址高度吻合可以相互印证，这说明日本人的主要常染祖源很可能和商朝的先民存在紧密联系，很可能大和族的源头跟武王伐纣后的商代遗民北迁的历史记载（如“箕子朝鲜”）有关。综上，从常染来看日本人的主要源头（85%—90%）应该和商朝时期黄河下游山东半岛的某个相对孤立/单一的人群或部落（九黎大汶口东夷）有直接的关系；而战国以后南方人群大举北上形成的南北混合成分的华夏族/汉族人群对日本人常染的影响基本可以说是没有，至于江浙和南岛族群（东亚南方常染优势）可以说对日本人的影响可以完全忽略，体质形态上日本人和江浙地区汉族人的相似性可能是因为共享某一些古亚洲沿海的“南方”成分；另外现代朝鲜人对日本人形成也没有直接的贡献，只能说日本大和族的先民从山东半岛迁徙到辽东半岛后，又从辽东半岛出发“路过”朝鲜半岛，并且在朝鲜半岛建立过一些与大和朝廷族群同源的国家/城邦（百济、任那、伽罗）。