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一个孤独的少年来到了一座陌生的城市。他叫碇真治，在没得到任何说明的情况下突然被父亲叫到了这所第三新东京市。就在此时，事隔第二次冲击15年后，一种被人们称为使徒的神秘物体又出现在了日本。自卫队集结了全部兵力对它进行了猛攻，但却丝毫没能阻挡它的脚步。为此，应对使徒的作战指挥权由国联军转到了特务机关NERV的司令碇元渡手中。他就是真治的父亲，也正是他将真治叫到了这个城市。为了见到正等着自己的父亲而进入地下都市，来到NERV总本德真治，在那里等着他的是巨大的通用人形兵器EVA。面对步步逼近的使徒，元渡命令真治坐上EVA应敌。当真治得知自己被叫到这里的理由之时要充当令机器人动起来的“道具”后，一度拒绝坐上EVA。但是，当他看见与自己同岁的少女绫波零身负重伤还试图出击的时候，终于下定决心进入了EVA。于是，初号机在元渡的注视下出动了...

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突然被迫投身于战斗的真治。在这种状况下他当然不可能进行得了像样的搏斗，EVA单方面接受着使徒的不断攻击，陷入沉默...。醒来的真治睁大的双眼中是陌生医院的天花板。而且，真治的记忆混乱，缺少了一部分战斗的内容。虽然如此，真治还是在这里展开了自己的新生活。尽管他的父亲也在这里，但两人还是分居不同的地方。NERV的葛城美莉中尉看到了真治的孤独，提议让他与自己共同生活。于是真治住进了她的公寓。共同生活的头一晚，当真治沐浴后在属于自己的房间就寝后，平静下来的脑海中出现了失落的记忆，那是被逼入绝境后开始暴走的EVA像野兽一样慌乱打倒使徒的画面...

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为了成为合格的EVA驾驶员，真治抹杀了自己的感情，不断重复着虚拟训练。与此同时，真治进入了第三新东京市的中学读书，但是过了两周之后，他还没有交上好到会打电话过来的朋友。眼看美莉对真治的情况十分担心，律子跟她讲了“猬的刺”的比喻：刺猬想将自己的温暖传给他人，但自己越靠近别人，别人受的伤害越大...真治在一节课上不慎把自己是EVA驾驶员的事实泄漏了出去，全班轰动，围着他询问各种问题。但有一个人似乎对他充满恨意，铃原东治。他的妹妹在上次的EVA暴走事件中受了伤，放学后，东治将自己的愤怒化为拳头倾泻到了真治身上。这时，第四使徒夏姆谢雷又出现了。黄昏的郊外，矗立着两个静止的巨人...

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在与使徒的第二次战斗中，真治第一次凭借自己的意志取得了胜利，但是他对此却没有感到任何感动和高兴。只是出于义务而战斗的真治，因为无法从战斗中找出意义的所在，而将自己封闭到了自己的世界中。然后，真治甚至从美莉那里离家出走。完全不知道自己已经拥有了为自己担心的朋友的真治漫无目的的迷失了方向。第二天的黄昏，真治偶然遇到了在野外玩军事游戏的剑介。两人交谈着度过了一夜，次日清晨，真治被NERV谍报部人员带回了NERV。美莉了解到真治丝毫没有兴趣驾驶EVA后，通知他离开NERV回到原来的地方去。真治错过了电车，抬起头，他看见了车站外的美莉...

PS：因为全部是转帖，所以文中有很多错误，比如↑的“美莉”就是一例。

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真治前往拜访了为了分析被毁后的使徒而摄制的虚拟分析所，在那里他见到了父亲的背影，真治注意到父亲被的手掌似乎被什么灼伤了。他从律子口中得知，那是在三周前的试验中，零号机突然发生暴走，元渡为了救出被困在插入拴中的零而被炽热的舱门把手灼伤的。看见父亲用非常柔和的表情跟绫波交谈，真治感到零比自己更贴近父亲，对她的身世产生了疑惑和好奇。律子拜托真治将新的ID卡送去给零，真治来到了零的住所。正在他对零的房间之简陋而凌乱感到不解时，转过身，真治看到了刚出浴的裸身的零！更因为慌乱被书包带拌翻，将零压在了身下。
第五使徒来袭，真治驾驶初号机出击，刚出发射口，就被使徒的热线攻击...

好象看过这东西~~

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真治很幸运的没有受到生命危险。但是，第五使徒雷米尔开始向NERV总部发动进攻。美莉分析了它的特点，提议用“一点击破”法进行攻击。零驾驶零号机从战自研拿来了阳电子炮改，因该枪需要大量电力，全日本大停电，把所有发电站的电力集中到了这把枪上。

集结了全日本电力，真治和零能否击败试图呢？