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【熊猫 讨论】试用17年繁殖建议书MK值确认基地15、16级父亲

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先说结论,没想到文文和风和雨父亲竟然都是美兰,之前看到白袜子,以为是龙古一脉,是福福孩子。


IP属地:上海1楼2017-08-27 00:06回复

    由MK平均亲缘值定义可以知道,某只熊猫的MK值必然和其父母的MK值平均值有关,具体什么关系,因为并没有使用过圈养大熊猫繁殖管理策略建议及种群概况中提及的几个软件,也不清楚,试用几组同父同母的数据进行验证,发现子MK=父母MK均值+0.0006,图中出现0.00055是数据精度所致。由此可以推算官方谱系已确认的父本。
    因为基地种公较少,确认比较容易,先从15、16级做起,感谢@行走边 整理的谱系。
    疑似父亲列表
    勇勇0.0375
    雄浜0.0307
    美兰0.0275
    福福0.0238
    乔乔0.0056
    萌兰启启点点毛豆毛桃星辉星繁,2017建议书中明确2016谱系中为多父本 ,未做进一步确认。 并且各疑似父本已在建议书中写明。


    IP属地:上海2楼2017-08-27 00:16
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      表格中颜色是我乱选的,MK值越高绿色越深,名字的底色越深颜色越大。子MK=父母MK均值+0.0006这个公式应该可以适用于所有未有为后代的子。


      IP属地:上海4楼2017-08-27 00:27
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        多父本的计算,萌三使用美兰98%,福福2%,差值和单父本基本一样,为0.0006左右。
        剩下的都是双本交,所以各50%,差值要高一些,0.0007
        另外算了14级,成就是乔乔本,龙龙人工,所以不在。

        比较奇怪的是,双好推出来父亲是美兰,查阅15年建议书,当时14谱系记录,大双和美兰雄浜都本过。
        而且双好和大双雄浜子女双欣双喜双雄MK都不一样


        IP属地:上海10楼2017-08-27 10:11
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          这是萌兰的父本记录
          还有成就也是多父本,成绩分别和乔乔龙龙做了人工


          差值符合0.0007规律


          IP属地:上海11楼2017-08-27 10:19
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            首楼的晶家兄弟应该和成就一样,都是乔乔龙龙做了人工。斧头真是,乔乔没本成的,光人工也要上。

            边做边发,思路比较乱,大家见谅。
            争议比较大文文双好应该都是做了分子鉴定,但看长相真的很难相信,这个公式应该普适性挺好的,我决定把锅推给谱系登记和建议书数据登记人,毕竟数据量这么大,两个父本二选一说不定就眼花了


            IP属地:上海12楼2017-08-27 10:30
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              很多朋友理解反了,很多猫基地已经做了Dna但没公布,我才要推算,除了晶晶家我一开始搞错了,其他确认栏都是都是推算的谱系中已经做过分子但没有公布的父本,但不排除谱系本身鉴定或者登记错误。反而没做Dna的建议书都直接公开数据了,比如成就么么儿庆大小他们因为还没做Dna,谱系还是多父本,并且公布出来所有可能父本,我没有做推算,只是全部转化成表格而已。


              IP属地:上海来自手机贴吧17楼2017-08-27 15:50
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                今天出去玩了,和大家的讨论都是手机打的零零碎碎的,而且这个楼是我边整理数据边写的,逻辑和思路都很混乱,后面也发现了很多错误。给大家理解带来了困难,现在我把思路整理重新写一下,好久没写论文了,痛苦。
                我所采用的资料主要是2017 年圈养大熊猫繁殖管理策略建议及种群概况,简称17概况书,说建议书有些朋友错理解为我使用的数据都是17年的建议配对,不是实际发生过的,事实上,【重点】概况书所有的MK和建议都是基于使用了16年11月中国动物园协会的大熊猫谱系,该谱系简称为16官方谱系。因此我们可以通过MK倒推16官方谱系的父本,这就是我做的讨论内容【重点】。16官方谱系中父本已DNA鉴定或者说分子遗传分析确认过的个体【重点】并没有【重点】在概况书中公布出来,所以讨论的是这些已DNA鉴定个体的父本。但未确认过的个体17概况书都会公布官方谱系中包含的所有父本,以及这些父本的方式(本交NM或人工AI)。表头详见下图

                其中谱系号455个体为琳琳,可能父本为盼盼与新兴,事实上大家都知道盼盼基因强大,家族多名后代外貌都有强烈的特征,连第五代天宝依然长得很像他。而琳琳后代并没有出现盼式长相。因此几乎可以确认琳琳父亲是新兴。
                但MK值计算依然使用盼盼新兴各一半,盼盼家族庞大,因此琳琳后代MK可能比实际上高很多。
                近年来基地新生个体在16官方谱系中仍然父本未确认的有成就萌兰晶奥晶运启启点点毛豆毛桃星辉星繁,因此,我的推算并不包括他们,他们的可能的父本见下图。

                16官方谱系未确认不代表现在没确认,也并不代表猫粉认为的父亲错了,只是17概况书用的一个便于整体计算的假设。
                比如成就和乔乔长相一样,我们可以确认成就的父亲,但因为未做最后的DNA,17概况书里他的MK值还是用乔乔龙龙各50%进行计算。萌兰也是一样,我们可以确认父亲为美兰,但不能否认官方谱系记录了萌萌和福福人工过,他的MK值福福提供了很微小的一部分。wb某个人说我妖言惑众说么么儿爸爸不是大姐,别有用心,我是不认的,这是官方谱系记录的,当然可能基地16年11月后给么么儿确认了父亲。如果骂我乱说文文父亲是美兰我认,毕竟是我自己推算的数据,而且我也不觉得文文爸爸是美兰。
                便于大家看,我把这几只的猫的谱系转化为呼名,呼名资料来自吧友@行走边 的整理,见下图。除了萌兰,美兰福福分别为0.98,0.02,其他双父本权重一样,各50%。底色越深,代表MK越高,年纪越大。

                【】下面是我的推算过程【】
                MK即平均亲缘值,是某个个体和整个种群其他个体亲缘值的平均,比如某个种群有A-E五个个体,A与BCDE的亲缘值分别是0.1、0.2、0.3、0.4,那么他的MK就是平均值0.25。
                由定义可以知道,某只熊猫的MK值必然和其直系上下两代亲属MK值有关,即父母和子女。有朋友提出MK也要考虑到父母的兄弟姐妹,兄弟姐妹,兄弟姐妹的孩子,孩子的孩子,孩子的其他异父异母兄弟姐妹,这些直系三代以外和旁系亲属所带来的亲缘值,其实已经反应在父母和子女MK上了,所以我们的近似推算不予考虑。父母对该个体的MK影响权重应该是一致的,而子女和父母的权重,以及各子女的权重,比较复杂,需要进一步做数据处理分析。因此本推算只使用于暂时没有后代的个体,讨论个体MK与父母MK均值的关系,基地14-16级都符合没后代的条件。
                另外MK值和种群数量也是有关的。
                首先挑选出来一部分可以确认同父同母并且无后代的个体,整理他们和父母的MK,见下图。图中我也注明了,二顺和美兰都有后代,直系二代亲属不包括父母,因此不在此表之中。

                发现【】MK=父母MK均值+0.0006【】上图中出现0.00055是数据精度所致,因为只保存到小数点后四位,会有一定误差。由此公式可以推算16官方谱系已确认的父本。
                此公式只适用于17概况书中MK,和其他途径得到的MK并不匹配!但因为父本一旦官方登记了就是确认了,所以推算出来父本不只适用于16官方谱系,除非之前或之后的谱系父本修改过。
                因此可以用【】MK=父母MK均值+0.0006【】公式和17概况书中基地14-16级个体的MK倒推已DNA鉴定但未公布官方谱系父本的MK,众所周知,基地种公只有几个,并且这些种公的MK差距巨大,确定了MK基本就可以确认父本个体。
                种公列表 MK
                勇勇 0.0375
                雄浜 0.0307
                美兰 0.0275
                福福 0.0238
                乔乔 0.0056
                推算结果见下图


                得出的父亲MK和备选父本MK完美契合,误差不超过0.0001。
                但出现了数个和其他来源网络资料不符的个体,比如双好的父亲推算结果为美兰,而实际上双好并没有美兰特征。文文和雅竹雅韵长相相似,之前一直说他的父亲为乔乔,但文文的MK高达0.0260,和其他乔乔子女差距巨大,这也是我做这个推算的原因。
                出现不符的原因猜想,查阅15年概况书公开的14官方谱系内容,大双和雄浜美兰都本过,当年双好MK计算用的是两者各50%,但后来年份的概况书双好从父本未确认列表中除去,可见已经DNA确认了父亲。
                因为谱系是人为上报登记的,不排除错误的可能性。另外17概况书的MK值也可能出现错误。我觉得在双好的父亲上,很可能确实错了,因为他确实和美兰一点也不像,反而和同父同母姐弟双薪双喜双雄都很像。


                IP属地:上海20楼2017-08-27 17:20
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                  另外整理数据时顺手做了一份17概况书MK列表与呼名对照,便于大家查阅。
                  链接: http://pan.baidu.com/s/1gfOnOVh 密码: yzcj
                  刚刚把地点分门别类加了底色,截了一下开头和末尾,也挺有意思,蓝色系为中心,橙色系为基地。
                  中心把MK高的都扔给长隆了,呵呵。



                  IP属地:上海21楼2017-08-27 18:29
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                    我解释了多少遍,为什么有人就非要纠结于这一点呢?我算的是动物园协会谱系里的父本,官方公布父亲和录入官方谱系的父本不是一个概念。一是录入有延迟;二是机构有一套判断父亲的方法,公布的结果可能并没做过Dna,所以可能出错的。比如星蓉当年被认为是冰星的孩子,连名字都随他,但最终Dna鉴定星蓉是科比的。梅梅蜀兰父亲一直说是林楠,然而川大出的论文说不是。


                    IP属地:上海来自手机贴吧34楼2017-09-23 18:22
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                      另外,官方谱系也是会有错误的。本来只是一个简单的数据分析,实在被一些不听不听谁谁就是谁谁的孩子的回复搞烦了,还发我斧头官方微博截图让我看,拜托多花几分钟仔细读读好不好。楼里很多朋友提的问题也让我受益。谢谢大家,现在我已经推出了普适公式,有后代的个体也可以用。最近比较忙,国庆放假仔细写一下。


                      IP属地:上海来自手机贴吧35楼2017-09-23 18:32
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