侦探团偷偷去了飞艇的内部，想看个究竟。路过吸烟室时，元太偷偷开了吸烟室的门，看了一眼，并没有进去。柯南找到他们时，发现元太并没有什么异样才松了口气。正当他们准备返回时，红猫的一支机动部队偷袭进了飞艇，安装炸弹。另一支进入大厅，把所有人都聚集在一起。此时小哀及时地用呼叫器联络柯南，告诉他飞艇已被红猫控制。于是柯南先让侦探团躲在暗处，自己去找炸弹。
我们厉害的柯南竟然还是个拆弹专家哦。三下五除二就把4个炸弹全拆了。拆到最后一个，大功告成时，回头一看，啊哟，侦探团被逮了。于是被提溜着回到了大厅。
看到炸弹竟然被一小毛孩给搞定了，红猫老大一个震怒，随手就把柯南扔出了飞艇外……妈呀，这可不是毛利大叔随便甩甩的玩笑啊。呜呜，柯南没救了……在大家的惊呼中，一个身影一闪而过，呼啦一下，窜出了飞艇，直下三千尺，于是大家又惊呼：基德……！！！
后面的故事就简单了。基德抱着柯南安全的落在了一个公园的沙岛上，完成了一次华丽丽滴飞行，然后很闲情逸致地去喂羊吃草。柯南无奈地望着空中的飞船，发现远处有一辆警卫直升机。灵机一动，开始和基德磨叽磨叽……
给暮目打电话，了解到那架直升机正是佐藤和高木驾驶的。正好来接我们一下吧。
于是，柯南和新一就坐上了直升机。（注意哦，是新一哦……知道刚才都磨叽点了啥吧）
新一指导佐藤，如何将直升机开到飞艇的上方，并与其保持同速，佐藤还怀疑了一下，没想到还那么专业啊……看到时机差不多了，新一抱着柯南，对佐藤说了一声，我们就在这下了。呼的一声就鱼跃了。佐藤和高木那个被雷得啊，眼珠都快出来了。新一就是基德啊？？！！
重新回到飞艇的柯南和基德，说起了病毒感染。基德说他看到那个作家曾抓过兰的手臂。不过既然病毒是飞沫传染，那么人体接触应该没有什么大碍。在考虑进一步的解决方案时，基德拿出了一个小亮片给柯南。柯南笑了。基德，你真的是有备而来啊……
飞船继续往大阪方向飞行。一说到大阪，那么我们那对甜甜蜜蜜的服部和和叶就该出场了。这次还有个小电灯泡，和叶亲戚家的小朋友。
服部联系到柯南，告诉他，红猫已经在网上发出警告，飞艇正带着病毒驶向大阪。于是整个城市处于混乱状态，所有的车站和公路上都挤满了想往外逃的人，就连周边的县都有了避难的措施。几乎每户每家都空了。此时基德说，都空无一人了，那可正是小偷下手的好时机啊。柯南的大脑中闪过一道白光……而和叶家的小朋友
听到后说，现在家庭的防盗措施都很齐备啊，即使没人在家也很安全啊。这时，柯南的大眼镜终于泛白了，原始是这样啊……（到底是哪样啊？妈呀，我是一无头绪）
接下来就是敌我双方的正面交锋了。柯南真是厉害啊。麻醉针，，滑板，充气足球，强力跑鞋，伸缩背带一个没落下，并且在宝石的展览室成功地运用了铃木大叔设的安检措施。轻松地把敌人打个落花流水，自己毫发无损。
此时在大厅中，又出现了两个感染者。一个是电视台的人员，他曾在吸烟室里吸过烟，而另一个就是兰。被作家抓过的双臂出现了红疹，于是他们两个被带到吸烟室隔离起来。途中，被藏在暗处的柯南看到。怎么会，怎么连兰都被感染到了？柯南感到隐隐的不安，兰……
另一方面，服部也从小朋友的话中悟出了什么，骑上摩托，飞奔至大阪的周边奈良县。奈良是日本的古都，有很多古老的寺庙和文物。警察正组织庙中的僧侣转移到安全的地方（怕被病毒感染），并转移文物。
服部和和叶很从容地站在那群警察面前，服部说，你们是警察是吧，那你能不能说说你们上司的名字啊？那群忙碌地警察并不理会服部，还说你这臭小子……忽然，服部的身后亮起了聚光灯，奈良县的警署老大以及全体警员站在了他的后面：现以盗窃文物罪逮捕你们……
看到这里大家大概能明白了吧，原来红猫所谓要对付铃木大叔的目的是假的，他们的最终目的就是制造城市混乱，然后趁不备之时盗取文物。
