最近吧内很多人还是被灌输历来已久的观念，认为丰臣秀吉故意给佐佐成政搞事，找一个不好管的地方交给他，出了问题再以正当合理的处理他，然后再把这种方式方法套用到把德川家康转封到关东等着德川出事，认为这是丰臣秀吉的一贯套路，但是这里在根本事实上就有出入。

但是佐佐成政入驻肥后国以后便急不可耐的开始对领内实施检地，造成了领内强烈的反弹是肥后国一揆爆发的直接原因。
当时主导肥后国一揆的是曾经当过菊池氏、大友氏家臣的有力国人隈部亲永、亲泰父子。佐佐成政虽然立刻派兵攻克了亲永的隈府城，但被其逃到了亲泰的居城城村城。佐佐成政在此地陷入苦战无法攻克，又加上此时一揆影响扩大并且团结一致的包围并攻打了佐佐成政的居城隈本城，造成了佐佐成政极端困难的处境。
无力独立解决的佐佐成政还是依靠小早川隆景和立花宗茂赶来的援军才解决了此次危机。

事后丰臣秀吉毫无疑问就此次大失态对佐佐成政问责，结果发现佐佐成政并没有按照自己开始的方阵施政后更是怒不可遏。
最后佐佐成政于天正十六年五月于摄津尼崎切腹谢罪。期间虽有安国寺惠琼的求情，但秀吉根本听不进去。佐佐成政的墓在尼崎的法园寺。
综合来看导致佐佐成政切腹的主要原因还是未按照秀吉开始的方针循序渐进的吸收支配肥后国，发生一揆后还无法独自解决造成严重后果的处罚。不存在秀吉故意下套分个所谓难管的地方再以正当理由处理佐佐成政。再说秀吉本身就没有必要多此一举。

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参考资料：出自渡边大门的文章