罗马的毁灭和女王芙乐蒂卡被杀使世界陷入混乱中。两年后,由于蔷薇十字骑士团的操纵,亚伯奈特罗德被陷害为“来自教皇厅的暗杀者”。因此,当人类世界由于失去了罗马和教皇厅而陷入混乱之时,帝国向短生种宣战。开战两年后,帝国夺取了短生种的一半领土。人类国家只有两个幸存下来,阿尔比恩和格马尼库斯。
作为战胜国,帝国由于无法控制领土的快速扩张而开始减慢行军速度。同时,艾丝缇的军队和她领导的前教皇厅成员(包括前AX成员)形成了一股顽强的反帝国力量,使帝国陷入两难境地。
年轻的Kaurstein伯爵之女卡米拉在街上捡到了一名短生种(亚伯),这个银发碧眼的短生种失去了记忆。经过调查,他似乎和阿尔比恩女王艾丝缇有着某种联系。急于想获得战功的卡米拉带着这个银发的年轻人进入了敌方领土,计划暗杀女王艾丝缇。但是,在和卡米拉一起行动时,亚伯的记忆开始逐渐恢复。最后,亚伯和艾丝缇再次相见。
加入蔷薇十字骑士团的卡特琳娜和托雷士登场了。卡特琳娜对自己的人生感到绝望,并迷失在对艾丝缇的嫉妒心之中。然而,这只是她利用的假象,她赌上了自己的人生,打算从内部摧毁骑士团。
显然,狄特里希从未信任过卡特琳娜和托雷士。不过,当该隐的完全恢复日益临近,他开始对该隐感到不安。他被卡特琳娜提出的问题”在该隐完全复活后,骑士团、肯普法和你还有什么存在意义?“所困扰。卡特琳娜对狄特里希展开心理攻势,并最终使他背叛了该隐。同时,女王艾丝缇、亚伯、卡特琳娜和以恩正准备开始与骑士团进行最后决战。
最后,最终舞台回到了卫星轨道上的方舟之上。打算将方舟扔向地球来毁灭世界的该隐,和为了阻止他的亚伯,开始了最终决战。