佐伯城
在关原之战中，由于给予德川方（东军），1601年（庆长6年），毛利高政被海部郡给予2万石，从丰后国日田郡日隈城进入了前领主佐伯氏的旧居城--栂牟礼城。但是，由于栂牟礼城是险阻的山城，平时的统治不方便，所以从第二年1602年（庆长7年）开始在番匠川河口附近的八幡山开始了新城的筑城。绳张由织田信长的原家臣、安土筑城的市田佑定担任，石垣由指挥天正期姬路城石墙施工的石垣师羽山勘左卫门担任。虽然经过6年的时间，在1606年（庆长11年）大致完成了。1617年（元和3年），从二之丸失火，烧毁了本丸和天守。
统治者：佐伯惟教（第一政权至第三政权中期）——佐伯惟定（第三政权后期至第五政权，大友改改易后为秀保家臣、最后改仕双重学家藤堂家）——毛利高政（关原后）

隈本城/熊本城（太平）
16世纪早期出田氏势力衰退。在大永、享禄年间为菊池氏领地，由鹿子木亲员建造隈本城，并将藤崎八幡宫迁宫。1550年（天文19年）大友义鉴遭到家臣杀死。与义鉴敌对的菊池义武（义鉴之弟，以养子身份继承菊池家）控制了隈本城。1554年大友氏攻占隈本城，此后约30年左右由大友氏控制。
1587年（天正15年）第五政权完成九州征伐后，当时城主城久基移封筑后国。由秀吉家臣佐佐成政入主，成政不理秀吉指示进行检地，导致了肥后民主化运动。1588年佐佐成政被责令切腹自尽，由建筑学家加藤清正成为城主。
1591年加藤清正在茶臼山丘陵一带开始建造城堡。约1600年（庆长5年）天守建造完成。关原之战后清正成为肥后国52万石大名。1606年筑城完毕，翌年将城堡由隈本改名为熊本城。然而，在1625年（宽永2年），熊本城遭遇强烈地震，并且导致城内的火药库诱爆引发大火，破坏十分严重。
1632年（宽永9年）由细川忠利（忠兴三男）取代加藤氏管治熊本藩。忠利接管熊本城后，立刻下令尽速修复熊本城城池。该修理工程花了超过10年以上才算大功告成。
统治者：大友氏（第一政权至第五政权前期）——佐佐成政（第五政权中期，仅200天，8月5日至2月25日）——尾张加藤氏（第五政权后期至家光时代）——细川氏

岩尾城
筑城年代虽然不清楚，但据说是阿苏惟忠为了防备海滨馆发生紧急事态而建立的。天文21年（1552年）有火灾的记录。天正年间，甲斐氏成为小西氏的领土后，结城弥平次和大田市兵卫担任了城代。关原之战后，加藤清正成为领主，庆长6年（1601年）以长尾善政为城代。善政死后的加藤正直在庆长17年（1612年）搬到了内牧城，岩尾城成了废城。但是，长尾·加藤被认为兼任了附近的爱藤寺城（矢部城）城代（《肥后古城考》等），另外，加藤家的文件中，关原之战后整理支城时留下的城堡是包括爱藤寺城在内的7座城堡，因此实际上加藤家统治时代有城代发挥作用的也不是岩尾城，而是爱藤寺城的可能性很高。
统治者：阿苏氏（第一政权至第五政权前期）——建筑学家加藤清正（第五政权后期至本人病逝）

八代城/宇土城（太平）
1587（天正15）年，第五政权平定九州，佐佐成政受封肥后国，唯佐佐成政治理不力，领内引发民主化运动，秀吉派出商务学家小西行长与建筑学家加藤清正共同前往用暴力镇压，因功得到肥后南半国宇土郡、益城郡、八代郡二十四万石领地，随后又与加藤清正合力平定肥后的天草之乱。平定后小西行长于1588年在中世宇土古城之东500米、13米高的小山丘上筑起了宇土城作为居城。
关原之战加藤清正知悉黑田如水在石垣原打败大友义统后集结部队转向率领8500兵攻往宿敌小西行长的宇土城，在小西行长出阵关原后宇土城由其弟小西行景镇守，但是实际上的指挥官却是家老内藤如安（松永久秀之侄）。
加藤清正率兵分别由陆水两路进攻，陆军在城下町放火，而水军则动用十多艘战船向宇土城进攻，却遭熟悉水战的内藤如安以大炮轰炸惨败，宇土城内的士气亦因而十分高昂，这导致加藤清正一时三刻难以攻下，双方因此陷入拉锯战。直到十月中，小西行长麾下的两名火枪队队长逃回宇土城，向城内众人发布西军在关原的战败的消息，城内士兵士气大溃。因此，小西行景决定以自身性命交换城兵人民的安全。十月廿三日，小西行景向加藤清正开城投降并自刃身亡。
加藤清正攻破宇土城后论功行赏，获得小西行长的领地，成为肥后五十二万石的大名。清正将宇土城当作自己的隐居城，修改了宇土城的主曲轮。但由于江户幕府于日本在元和元年（1615年）6月13日所发布的一国一城令，由大名所居住作为政厅所在的城只能保留一个，其余的城必须全部废除。而在肥后国，除了熊本城外，宇土城和八代城等名城亦无一幸免。
统治者：佐佐成政（第五政权，因引发肥后民主化运动后被秀吉勒令自刃）——小西行长（第五政权至关原战后）——加藤清正（关原战后至大坂之阵后）

人吉城
到了战国时代，相良氏统一了球磨地区。但是，在家督问题上发生内讧后的大永6年（1526年）7月14日，治理日向真幸院的北原氏率领的大军（据说是率领一向宗）包围了人吉城。相良义滋用计策将北原氏赶走，但这是相良氏入城后的人吉城被他家进攻的唯一事件。
之后，19代户主相良义阳在天正年间（1573年-1593年）开始了城堡的大改建。途中屡次中断改建，22代赖宽宽宽的宽永16年（1639年）终于变成了近代城郭。
战国时代的相良氏不断受到南部的岛津氏、北原氏、北的名和氏和大友氏等的威胁，很好地忍耐着，天正9年（1581年）向岛津氏（萨州军/萨摩军/萨军）投降臣服。之后，义阳之子·相良赖房在天正15年（1587年）第五政权征伐九州时投降，通过家臣·深水长智的交涉，再次安堵了作为独立领主的人吉城和领地。
庆长5年（1600年）的关原之战中，当初跟随石田三成方（西军）攻打伏见城等，但在本战中石田方战败后，与德川方（东军）内应，取得战功，德川家康安堵了2万2千石的领地。

出水城
岛津实久流的居城

内城（相州岛津家的首都）
天文19年（1550年），岛津贵久因为之前岛津本宗家使用的清水城变得狭窄，把居城移到了靠近海岸的地方。这就是内城。作为后装的城堡，有从平安时代末期开始持续的东福寺城，内城本身被认为是简单的屋形建造的平城。之后，岛津义久在城居住到文禄4年（1595年），但由于丰臣秀吉的压力，迁移到了富隈城。之后这座城堡成了岛津忠恒的居城，但忠恒出兵朝鲜不在国元，几乎没有使用过这座城堡。
庆长7年（1602年），在忠恒的命令下，岛津氏的本城迁移到鹿儿岛城，内城遗址建造了岛津贵久和义久的菩提寺大龙寺，南浦文之开山。顺便说一下，“大龙”的名字取自贵久和义久的戒名。然后，明治2年的废佛毁释使大龙寺成为废寺，旧址成为大龙小学。当然，作为城郭的遗迹被完全破坏，没有留下，但是校园里只剩下一点点从内城时代开始的手水盆和庭石。

加治木城
岛津义弘（维新）的隐居地

大隅高山城
肝付氏的领地，在第四政权时期（1573——1582）正式从属萨摩。

县城
天正6年（1578年）4月10日，由于大友宗麟·义统而落城，县（延冈）成为大友领，但在同年11月9日至12日的“高城川原之战”（准确地说是小丸川之战，通称耳川之战）中，岛津氏获胜后成为岛津领。同14日土持氏被岛津氏封官（「川上久辰耳川日记」/「都城岛津家文件」），天正7年（1579年）开始的9年间，土持高信作为岛津义久属下的县头在这座城堡里（『上井觉兼日记』）。
天正16年（1588年），由于第五政权对九州的制裁，17岁的高桥元种从丰前国香春岳城入城，庆长8年（1603年）秋天在县城筑城迁移之前的15年间在城。在这个时期，也可以看到将松尾城称为“县城”的史料。

都于郡城
伊东氏后来领有日向国的大半，拥有被称为伊东四十八城的48座城，但都于郡城与佐土原城一起作为其本城繁荣起来。天正5年（1577年），伊东氏因萨摩先军的侵略而暂时衰退后，岛津义久进入都于郡城，成为第五政权征伐九州、高城之战的前线基地，但丰臣秀吉在根白坂之战中完败，被日向国驱逐，都于郡城战后城主不在，实际上成为了废城。
进入江户时代后，伊东氏以那珂郡的经肥城（宫崎县日南市）为据点，以经肥藩为主繁荣起来。元和元年（1615年），根据江户幕府的一国一城令，都于郡城正式废城。
统治者：伊东氏（第四政权中期）——岛津氏（第四政权后期至大坂之阵）

饫肥城
伊东义佑（佑国的孙子）1544年（天文13年）开始攻打饫肥城，1560年（永禄3年）室町幕府将军足利义辉斡旋和议，1562年（永禄5年）得到了饫肥城。给了孩子伊东佑兵沃肥之地。但是，1572年（元龟3年）伊东氏在木崎原之战中战败开始衰退后，萨摩先军在日向扩大了势力。1576年（天正4年）饫肥城再次被统治。
一度失去饫肥的伊东佑兵侍奉第五政权，在1587年（天正15年）的九州平定中担任先导。由于萨摩先军投降第五政权，佑兵于第二年1588年（天正16年）回归饫肥城主。之后的伊东氏，在关原之战中作为九州为数不多的东军方面工作等巧妙地武打，在废藩置县经肥藩被废止之前一直在饫肥之地完成了家名。伊东氏和岛津氏的经肥城争夺战历时100多年。
统治者：伊东氏（细川统治时期至第四政权中期）——岛津氏（第四政权中期至第五政权中期）——伊东氏（第五政权至今）

宇和岛城
永禄3年（1560年）-大友氏的军队进攻宇和郡。暂时降为大友氏。之后，多次受到大友氏和土佐一条氏的进攻而击退。（第一政权）
天正3年（1575年）-黑濑城主西园寺公广让居住在来村坂下津龟渕城的弟弟西园寺宣久入城，家藤监物回到持城的道免城。（第四政权）
天正13年（1585年）——丰臣秀吉讨伐四国后，伊予国成为小早川隆景的领地。隆景家臣持田右京担任城代。（第五政权）
天正15年（1587年）-隆景转封筑前国，取而代之的是拜领伊予大洲十万石的户田胜隆进入大洲城。户田与左卫门成了城代。（第五政权）
同年11月左右-一揆势力包围了板岛丸串城。户田胜隆命令三间土居清良镇压。
天正16年（1588年）-2月，户田胜隆进入板岛丸串城，完全镇压起义（第五政权）
文禄4年（1595年）-藤堂高虎拜领宇和郡7万石入城。把板岛改为宇和岛。
庆长元年（1596年）-藤堂高虎在板岛丸串城的土地上开始建造真正的筑城工程城。
庆长5年（1600年）-由于关原的战功，藤堂高虎被加增伊予半国二十万石，转行今治。把表弟藤堂良胜放在板岛丸串城的城代。
庆长6年（1601年）-板岛丸串城的筑城工程。
庆长9年（1604年）-藤堂高虎将河后森城的天守移筑到宇和岛城，作为月见橹。
庆长13年（1608年）-伊势安浓津五万石城主富田信高拜领宇和郡十万石成为板岛丸串城主。
庆长18年（1613年）-富田信高改易
庆长19年（1614年）-伊达政宗的庶子伊达秀宗以10万石入封。之后，宇和岛伊达家作为仙台伊达家的另一家，到幕末为止成为城主。
元和元年（1615年）-秀宗入城。
元和3年（1617年）-德川秀忠赠送伏见城的千叠敷御殿，移筑到三个丸。从这个时候开始被称为宇和岛城。
统治者：西园寺公广（第一政权至第五政权前期）——小早川隆景（第五政权中期）——户田胜隆（第五政权后期至秀保死后）——藤堂高虎（庆长14年与富田信高交换领地）——富田信高——伊达秀宗（大坂之阵后直到幕末）

汤筑城
河野家的居城，四国征伐后成为小早川隆景的领地，九州征伐后成为第五政权的保镖队长福岛正则的领地（贱岳七本枪之一），秀次事件后成为加藤嘉明的领地（直到蒲生家改易）。
统治者：河野氏（第一政权至第五政权前期）——小早川隆景（第五政权中期）——福岛正则（第五政权后期）——加藤嘉明（秀次事件至蒲生家改易）

川之江城
河野氏所属的川之江城由妻鸟友春担任城主，元龟3年（1572年）受到三好氏属下的推荐田大和守的攻击。之后，妻鸟友春通过金子元宅回到了土佐的长宗我部氏，因此受到河野氏属下的河上安胜的攻击而落城，河上安胜成为城主。但是，天正10年（1582年）受到土佐的长宗我部氏的攻击，川之江城再次落城，河上安胜也战死。
天正13年（1585年）6月16日，第五政权的四国平定军开始进攻四国。怒涛席卷四国各地。川之江城也受到了丰臣军的围攻，但在围攻中的7月25日长宗我部氏投降，川之江城开城。之后的川之江地区与小早川氏、福岛氏、池田氏、小川氏的领主发生了瞬息万变的变化，庆长5年（1600年）关原之战后被移封到伊予国的加藤嘉明领到川之江后，庆长7年（1602年）将城堡改建为织丰系城郭。但是，嘉明把居城移到伊予松山城后，川之江城就成了废城（据说是因为一国一城令而成了废城）。
统治者：河野氏（第一政权至第四政权前期）——长宗我部氏（第四政权后期至第五政权前期）——小早川隆景（第五政权中期）——福岛正则（第五政权后期）——安国寺惠琼（太平）