多基因联合建树图解教程451473183 【工具】http://lucky-boy.ys168.com/　　MAFFT（多序列比对及序列排序）、SequenceMatrix（多源数据合并）、PAUP（同质性检验）、Mrbayes（支持分源数据集建树） 【流程】 １.序列比对及排序 在MEGA中打开序列进行逐一进行多重比对，并对序列名称进行排序。排序的目的主要是避免后续序列串联拼接时发生错位，如上图所示，点击MEGA比对浏览器界面的左上角"Species/Abbrv"即可进行升序/降序排列，最后导出Fasta格式的多重序列

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下载链接：https://pan.baidu.com/s/1dHm4IHz#list/path=%2F 004-多基因序列联合（拼接）与格式转换构建贝叶斯树-软件SequenceMatrix 020-IQ-tree构建最大似然树（ML树）教程（jmodeltest-模型计算） 003-Jmodeltest模型计算方法与说明 002-贝叶斯法Mrbayes构建系统进化树教程视频（高清） 002-贝叶斯法Mrbayes构建系统进化树教程视频（高清） 002-PAUP软件构建最大简约树-MP树--视频有问题勿看 001-MEGA7.0 DNA序列特征分析（长度，G+C比例） 001-MEGA7.0建树教程（序列文件格式-树图导出美化

贝叶斯建树后验概率问题与参数设置 1. 说明 现就关于贝叶斯建树过程中不显示后验概率和部分参数设置做一说明。 2. MrBayes的安装 MrByes官网：http://mrbayes.sourceforge.net/来下载MrBayes软件并安装。 多线程与单线程建树差异： 1.使用多线程版本得到的树状图和单线程版本的树状图完全不一样，差别太大。多线程版本的树状图完全是所有的分支都集合到一个点上，而单线程的就正常了。这可能是由于不会使用多线程运行MrBayes的原因 或 软件在多线程下的运算

用COI序列在phylosuite构建iqtree，得到的树文件用figtree打开改为newick格式文件代入bptp网站分析，最后显示输入文件错误，有没有知道问题出在哪了吗？

个人准备建贝叶斯树，但输入的时候遇到了这样的问题，删掉相应的第6行第24个词后还是一样的，请问各位知道是什么原因吗，谢谢啦

想问下大佬有没有用RAxML做进化树的教程，还有如何把FAS文件格式转换成Phylip格式。

ML）和贝叶斯（MrMTGUI（jModelTest 支持界面操作，但是系统资源杀手。在大数据面前，这两款软件只能望洋兴叹，因而ModelFinder自然成了首选，最大的特点就是快、很快、超级快，重点的内容说三遍。除外，它支持的数据类型除了核苷酸（含http://www.iqtree.org/#downloa 在线服务器地址： Step 1. 序列准备Phylip，可以使用*.phy 格式备用，也可以直接使用IQ-Tree会自动转为 Step 2. 下载程序 Step 3. 启动程序CMD命令切换，iqtree-omp拖入）如下图： iqtree -sseqname.phy -nt AUTO 注

001-1系统进化树构建序列文件格式说明（1080P） 001-2 MEGA软件构建邻接树(NJ树) （1080P） 001-3 MEGA软件构建最大简约树(MP树) （1080P） 001-4 MEGA软件构建最大似然树(ML树) （1080P） 001-5 MEGA软件构建UPGMA树 （1080P） 001-6 MEGA软件计算遗传距离和导出Excel（1080P） 001-7 MEGA软件分析序列特征-信息位点 变异位点等（1080P） 001-8 MEGA软件对序列饱和性检验和作图（1080P） 001-9 MEGA软件最序列分组并计算组间和组内遗传距离（1080P） 001-10 MEGA软件对树图置根 修改字体和字号

我会构建进化树哦

建树有问题私我

新人做进化树，看了很多视频教程 举例都是某种生物的蛋白和别的生物的一起去做 一种生物的好多种蛋白可以放到一起和别的生物建树吗 比如我要研究某种离子可能的通道蛋白 已经有转录组 从中筛选出很多可能的离子通道 可以把这些离子通道分别blast后各找一些序列一起建树吗 救救孩子 没有人教看很多了也不知道对不对

出现这个问题是什么原因，解决方法是什么？谢谢

求助：跟外群整合建树时，选用NJ法和ML法，结果的亚家族分类不同。而且分支可信度都较低，自己修改了参数结果还是没有改善。这应该怎么解决。

如何将多课进化树整合成一个列表导入treespace进行基因树对比，如何构建进化树list。

鉴于PAUP命令比较多，输人麻烦，将所有命令集合在一起写成的命令脚本成为运行PAUP的标准方式。黄色内容是脚本，红色可以修改。 (1)运行PAUP'以编辑模式（edit mode)打开NEXUS数据文件。 (2)将光标移到文件末尾的“End;”处，按回车键，在新的一行开始输入下述命令： begin paup; .......................................................... end； 上述命令中的treenamel是保存MPT的文件名，treename2保存从这些MPT中计算的严格合一树和多数规则合树的文件名，这两个文件名可以

大神们，序列同源性矩阵表应该怎么画啊

建树教程和软件资源：http://lucky-boy.ys168.com/

Jmodeltest模型计算方法与说明视频更新 视频更新下载： 1.系统进化树：https://pan.baidu.com/s/1mja4ZY4 2.地理分布预测：https://pan.baidu.com/s/1jqyWiQJhFGg90REnD1FSdA 更新时间（2018.3.12）

经核实吧主超级lucky小伙 未通过普通吧主考核。违反《百度贴吧吧主制度》第八章规定http://tieba.baidu.com/tb/system.html#cnt08 ，无法在建设 进化树吧 内容上、言论导向上发挥应有的模范带头作用。故撤销其吧主管理权限。百度贴吧管理组

视频更新啦：020-IQ-tree构建最大似然树（ML树）教程（jmodeltest-模型计算）

教程 040-如何选择合适的16S序列并构建进化树来鉴定菌种https://pan.baidu.com/s/1ypPIEjMO8WsJu7mJbQS8pg备用：http://lucky-boy.ys168.com/

http://lucky-boy.ys168.com/ 所有视频内容和编号： 001视频介绍优酷在线试看： 001-a 进化树基本概念知识点讲解（理论讲解） 001-b 进化树原理和建树方法的选择（理论讲解） 001-c 进化树结构术语等（理论讲解） 001-1系统进化树构建序列文件格式说明 001-2 MEGA软件构建邻接树(NJ树) 001-3 MEGA软件构建最大简约树(MP树) 001-4 MEGA软件构建最大似然树(ML树) 001-5 MEGA软件构建UPGMA树 001-6 MEGA软件计算遗传距离和导出Excel 001-7 MEGA软件分析序列特征-信息位点 变异位点等 001-8

关闭所有程序后打开paup，或关机重启打开paup

视频网址：http://i.youku.com/iyafe 视频下载：https://pan.baidu.com/s/1mja4ZY4 输入Help，窗口列出命令列表。 Help <command>，单命令介绍，包括该命令当前状态。如：help lset。 Manual，在mrbayes文件夹会产生一个命令详细介绍的文件。 （依次输入命令，完成简单也最常用的分析）： Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。 Lset nst=6 rates=invgamma，该命令设置进化模型为with gamma-distributedrate variation across sites和a proportion of invariable sites的G

001-MEGA7.0 DNA序列特征分析（长度，G+C比例） 001-MEGA如何导出所有信息位点、变异位点或简约信息位点等 001-MEGA7.0建树教程（序列文件格式-树图导出美化） 001-MEGA7.0序列饱和性检验和作图教程 001-MEGA7.0遗传距离计算与导出 001-MEGA分组及属种间平均遗传距离计算方法 001-MEGA基本建树方法与建树类型 001-MEGA计算简约信息位点、变异位点等序列特征分析（高清） 001-MEGA计算遗传距离 001-MEGA可以构建哪些类型的进化树002-MAFFT多序列比对教程 002-PAUP软件构建最大

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组合模型一般是：基本模型+频率类型（FreqType）+率异质性类型（RateType）

构建系统进化树教程，最大似然树，贝叶斯树，邻接树，最大简约树等！私451473183

NJ-MP-ML-BI建树方法的比较-如何让选择合适的建树方法 http://lucky-boy.ys168.com/ 标签：进化树生物信息 分类：系统发育建树 方法 基本特征 适用范围 优点 缺点 NJ 不需要分子钟假设，是基于最小进化原理，进行类的合并时，不仅要求待合并的类是相近的，而且要求待合并的类远离其他的类。 远缘序列，进化距离不大，信息位点少的短序列 假设少，树的构建相对准确，计算速度快，只得一颗树，可以分析较多的序列，运行速度优于最大简约法 序列上的所有

1.系统树的要素 系统树的核心要素包括分枝型式（拓扑结构），分枝长度，树根，内部节点（假想祖先）和外部节点等。系统进化树与同源性分析时不同的概念哦！！！ 1.1拓扑结构topology 即分枝型式，系统树的分枝情况，即分类单元的演化关系。 1.2节点 内部节点OTU：一般是现存的生物可以是基因，个体，种群等； 外部节点：假想祖先，也可以是现存的个体或等位基因。 1.3分枝和长度 分枝长度表示该分支的进化改变数量，但不一定等于进化改变的数

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